R语言FindAllMarkers函数解析

FindAllMarkers函数是Seurat包中的一个函数，用于在Seurat对象中寻找差异表达基因（DEGs）。该函数需要一个Seurat对象和一个或多个群体（即细胞类型或状态）作为输入，输出每个群体中的差异表达基因列表及其相应的统计信息。

具体来说，FindAllMarkers函数使用了Wilcoxon秩和检验来比较每个群体中的基因表达水平，并计算了每个基因的平均表达水平、标准差、p值和调整后的p值（例如Benjamini-Hochberg校正）。用户可以根据p值和差异表达倍数（例如对数折叠变化）来筛选DEGs，并将结果保存为一个数据框。

下面是FindAllMarkers函数的基本语法：

FindAllMarkers(object, group.by = NULL, test.use = "roc", pct.1 = 0.1, pct.2 = 0.1, logfc.threshold = 0.25, min.pct = 0.1, return.thresh = 0.05, verbose = TRUE, ...)

其中，参数object是Seurat对象，group.by是一个字符向量，指定要比较的群体，test.use参数指定使用的检验方法，pct.1和pct.2分别指定在每个群体中使用的细胞百分比阈值，logfc.threshold指定差异表达倍数的阈值，min.pct指定在每个群体中至少需要有多少细胞才能进行比较，return.thresh指定p值的阈值，verbose指定是否输出详细信息。

总的来说，FindAllMarkers函数是使用Seurat包进行单细胞RNA测序分析时非常重要的一个函数，可以帮助用户快速鉴定差异表达基因，并进一步进行功能富集分析等后续分析。