优化这段代码“d %>% group_by(gene_name) %>% mutate("row_mean" = rowMeans(select(., -gene_name)) %>% slice(which.max(row_mean)) %>% ungroup() %>% select(-row_mean) ”
时间: 2024-01-01 18:09:35 浏览: 64
by_row:一个替代rowwise()和mutate()+ map()的建议
这段代码的功能是对数据框 `d` 按照 `gene_name` 进行分组,计算每个分组中除 `gene_name` 列以外的所有列的均值,然后选取均值最大的行,最后去除计算均值时添加的 `row_mean` 列。
这段代码本身已经比较简洁,但是可以进行进一步的优化。具体的优化方式取决于数据框 `d` 的大小和特征,以下是一些可能的优化方式:
1. 使用 `summarize()` 函数代替 `mutate()` 函数,在每个分组中计算均值并返回结果。这样可以减少数据框的大小,提高计算效率。优化后的代码如下所示:
```
d %>%
group_by(gene_name) %>%
summarize(across(where(is.numeric), mean)) %>%
slice(which.max(rowMeans(select(., -gene_name)))) %>%
ungroup() %>%
select(-row_mean)
```
2. 如果数据框中的列数很多,可以通过指定要计算均值的列来提高效率。例如,如果只需要计算 `col1` 到 `col5` 列的均值,则可以使用以下代码:
```
d %>%
group_by(gene_name) %>%
summarize(across(col1:col5, mean)) %>%
slice(which.max(rowMeans(select(., -gene_name)))) %>%
ungroup() %>%
select(-row_mean)
```
3. 如果数据框中的行数很多,可以使用数据表格(data.table)库来加速分组和计算操作。例如,以下代码使用 data.table 库对数据框 `d` 进行分组和计算:
```
library(data.table)
setDT(d)[, lapply(.SD[, -1], mean), by = gene_name][which.max(rowMeans(.SD)), -1]
```
这段代码使用 `setDT()` 函数将数据框 `d` 转换为数据表格,然后使用 `lapply()` 函数计算每个分组中的列的均值。最后,使用 `which.max()` 函数找到均值最大的行,删除 `gene_name` 列,并返回结果。
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