用r,WT_CpG.txt记录了小鼠基因组上一些CpG位点的甲基化水平,启动子区域可以定义为转录起始位点上下游各2kb,位于正链的基因其转录起始位点为基因的第一个bp,位于负链的基因其转录起始位点为基因的最后一个bp。输出mm9.main.refGene.txt中启动子区域甲基化水平最高的前十个基因。(mean[∑freqC/(freqC+freqT)],不区分正负链)
时间: 2023-06-24 20:03:23 浏览: 49
以下是R语言代码实现:
```R
# 读入WT_CpG.txt文件
methylation <- read.table("WT_CpG.txt", header = TRUE)
# 读入mm9.main.refGene.txt文件
refGene <- read.table("mm9.main.refGene.txt", header = TRUE)
# 定义函数,计算启动子区域甲基化水平
calc_promoter_methylation <- function(gene) {
if (gene$strand == "+") {
# 正链基因,转录起始位点为基因的第一个bp
tss <- gene$start
} else {
# 负链基因,转录起始位点为基因的最后一个bp
tss <- gene$end
}
start <- tss - 2000
end <- tss + 2000
# 提取启动子区域内的CpG位点信息
promoter_cpg <- methylation[methylation$chr == gene$chr & methylation$pos >= start & methylation$pos <= end, ]
# 计算甲基化水平
methylation_level <- sum(promoter_cpg$freqC / (promoter_cpg$freqC + promoter_cpg$freqT)) / nrow(promoter_cpg)
return(methylation_level)
}
# 对每个基因计算启动子区域甲基化水平
refGene$promoter_methylation <- apply(refGene, 1, calc_promoter_methylation)
# 排序,取前十个基因
top_genes <- head(refGene[order(-refGene$promoter_methylation), ], 10)
# 输出结果
print(top_genes[, c("name", "promoter_methylation")])
```
注意,以上代码假设WT_CpG.txt和mm9.main.refGene.txt文件中的染色体和位点信息已经转换为数值型,并且WT_CpG.txt中的甲基化频率数据已经转换为小数形式。如果文件格式不同,需要根据实际情况进行修改。