编写一个python脚本,输入三个txt文件,将第一列的rna_name提取出来作韦恩图,输出图与交集txt文件
时间: 2023-09-17 21:11:53 浏览: 44
以下是一个实现这个功能的 Python 脚本:
```python
import matplotlib.pyplot as plt
# 读取三个文件中的 RNA 名称
set1 = set()
with open('file1.txt') as f1:
for line in f1:
set1.add(line.strip().split()[0])
set2 = set()
with open('file2.txt') as f2:
for line in f2:
set2.add(line.strip().split()[0])
set3 = set()
with open('file3.txt') as f3:
for line in f3:
set3.add(line.strip().split()[0])
# 计算交集
intersection = set1 & set2 & set3
# 绘制韦恩图
venn = plt.figure()
venn.gca().set_title('Venn Diagram')
venn_venn = plt.gca().venn3([set1, set2, set3], ('File 1', 'File 2', 'File 3'))
for text in venn_venn.set_labels:
text.set_fontsize(18)
for text in venn_venn.subset_labels:
text.set_fontsize(24)
if text.get_text() in intersection:
text.set_color('white')
plt.savefig('venn.png')
# 输出交集文件
with open('intersection.txt', 'w') as f:
for item in sorted(intersection):
f.write('%s\n' % item)
```
该脚本假设三个 txt 文件中每行的第一个字段为 RNA 名称,以此来提取 RNA 名称并计算交集。然后,使用 `matplotlib` 绘制韦恩图,并将交集部分的标签颜色设置为白色以突出显示。最后,将交集部分的 RNA 名称按字母顺序写入一个文件中。