fastqc参数使用例子和代码
时间: 2024-02-20 08:01:04 浏览: 178
可以使用的fastdb用例
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FastQC是一款常用于质量控制的快速软件,使用参数可以帮助我们更好地定制化分析。
以下是一些常用的FastQC参数及其使用例子:
1. -f:指定输入文件格式,例如:
```
fastqc -f fastq input.fastq
```
2. -t:指定线程数,例如:
```
fastqc -t 4 input.fastq
```
3. -o:指定输出目录,例如:
```
fastqc -o /output/dir input.fastq
```
4. -k:指定K-mer长度,例如:
```
fastqc -k 8 input.fastq
```
5. --noextract:不解压缩输入文件,例如:
```
fastqc --noextract input.fastq.gz
```
6. --nogroup:不将重复的序列视为一组,例如:
```
fastqc --nogroup input.fastq
```
7. --quiet:不输出进度信息,例如:
```
fastqc --quiet input.fastq
```
以上是一些常用的FastQC参数及其使用例子。在实际操作中,我们可以根据需要使用不同的参数进行定制化分析。
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