plsda r语言

时间: 2023-07-18 21:05:00 浏览: 45
PLS-DA是一种多元回归方法,可以用于分类问题。它使用偏最小二乘回归(PLS)来降维,然后使用逻辑斯蒂回归等分类算法进行分类。 在R语言中,可以使用pls包来实现PLS-DA。首先需要安装该包,可以使用以下代码: ``` install.packages("pls") ``` 然后,可以使用以下代码来进行PLS-DA分类: ``` library(pls) data("iris") x <- iris[,1:4] y <- iris$Species plsda.fit <- plsda(x, y, ncomp = 2) ``` 在这个例子中,我们使用鸢尾花数据集进行分类。x是数据集的前四列,包含了花萼长度、花萼宽度、花瓣长度和花瓣宽度等四个特征。y是数据集的最后一列,包含了三种不同的鸢尾花品种。 plsda.fit是PLS-DA模型的拟合结果。可以使用predict函数对新数据进行预测: ``` newdata <- x[1:5, ] predict(plsda.fit, newdata) ``` 这个例子中,我们对前五行数据进行预测。predict函数会返回一个矩阵,每行对应一个被预测样本的概率分布。可以使用max.col函数找到概率最大的类别: ``` max.col(predict(plsda.fit, newdata)) ``` 这个函数返回一个向量,每个元素对应一个被预测样本的类别。
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plsda matlab

PLSDA是偏最小二乘判别分析的缩写,是一种常用的多元统计分析方法。在MATLAB中,可以使用PLSDA工具箱进行PLSDA分析。该工具箱提供了PLSDA模型的建立、预测和评估等功能,可以用于数据降维、分类和预测等应用场景。同时,MATLAB还提供了丰富的数据可视化和分析工具,可以帮助用户更好地理解和解释PLSDA分析结果。

matlab plsda

以下是MATLAB中PLS-DA的介绍和实现方法: PLS-DA是一种基于偏最小二乘回归(PLSR)的分类方法,它可以用于处理多元响应变量的情况。在MATLAB中,PLS-DA可以通过使用PLS_Toolbox工具箱来实现。该工具箱提供了PLSDAModel类,该类负责逻辑,并包含软PLS-DA和硬PLS-DA两种方法以及用于数据预处理、分类模型的解释和可视化的工具。下面是一个简单的PLS-DA示例: ```matlab % 加载数据 load fisheriris X = meas; Y = species; % 将数据分为训练集和测试集 cv = cvpartition(Y,'HoldOut',0.3); Xtrain = X(training(cv),:); Ytrain = Y(training(cv)); Xtest = X(test(cv),:); Ytest = Y(test(cv)); % 训练PLS-DA模型 numComp = 2; plsda = PLSModel(Xtrain,Ytrain,numComp); % 预测测试集 Ypred = predict(plsda,Xtest); % 计算分类准确率 accuracy = sum(strcmp(Ypred,Ytest))/length(Ytest); disp(['Classification accuracy: ' num2str(accuracy)]) ``` 该示例首先加载了鸢尾花数据集,然后将其分为训练集和测试集。接下来,使用PLSModel类训练了一个PLS-DA模型,并使用predict方法对测试集进行预测。最后,计算了分类准确率。

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for i = 1:ncomp rslt(i).ncomp = i; cal_p = squeeze(cal_preds(i, :)); cal_p = mode(cal_p,1); cal_t = squeeze(cal_trues(i, :)); cal_t = mode(cal_t,1); [cal_confus, rslt_confusionOrder] = confusionmat(cal_t, cal_p); cal_rslt = statsOfMeasure(cal_confus, 0); rslt(i).cal_confus = cal_confus; rslt(i).cal_rslt = cal_rslt; rslt(i).cal_acc = cal_rslt.microAVG(end-1); rslt(i).cal_sen = cal_rslt.microAVG(end-3); rslt(i).cal_spe = cal_rslt.microAVG(end-2); rslt(i).cal_y_true = cal_t; rslt(i).cal_y_pred = cal_p; val_p = squeeze(val_preds(i, :)); val_t = squeeze(val_trues(i, :)); [val_confus, rslt_confusionOrder] = confusionmat(val_t, val_p); val_rslt = statsOfMeasure(val_confus, 0); rslt(i).val_confus = val_confus; rslt(i).val_rslt = val_rslt; rslt(i).val_acc = val_rslt.microAVG(end-1); rslt(i).val_sen = val_rslt.microAVG(end-3); rslt(i).val_spe = val_rslt.microAVG(end-2); rslt(i).val_y_true = val_t; rslt(i).val_y_pred = val_p; mdl = plsda(x_pp, y, i, opts0); trainedModel{i} = mdl; mdl = plsda(x_test_pp,[],i,mdl, opts0); rslt(i).probability = mdl.classification.probability; y_test_pred = mdl.classification.mostprobable; [test_confus, rslt_confusionOrder] = confusionmat(y_test, y_test_pred); test_rslt = statsOfMeasure(test_confus, 0); rslt(i).test_confus = test_confus; rslt(i).test_rslt = test_rslt; rslt(i).test_acc = test_rslt.microAVG(end-1); rslt(i).test_sen = test_rslt.microAVG(end-3); rslt(i).test_spe = test_rslt.microAVG(end-2); rslt(i).test_y_true = y_test; rslt(i).test_y_pred = y_test_pred; 什么意思

function [trainedModel, rslt, sp] = plsdaKFolds(x, y,... ncomp,preprocess_methods, opts0, folds, x_test, y_test) N = size(y, 1); if isempty(preprocess_methods) preprocess_methods = preprocess('default','autoscale'); end [x_pp, sp] = preprocess('calibrate', preprocess_methods, x); x_test_pp = preprocess('apply', sp, x_test); y_logical = class2logical(y); class_cnts = size(y_logical,2); % Perform cross-validation KFolds = folds; cvp = cvpartition(size(y, 1), 'KFold', KFolds); % Initialize the predictions to the proper sizes % validationPredictions = zeros(N,ncomp); cal_preds = nan(ncomp, N); cal_trues = nan(ncomp, N); cal_probs = nan(ncomp, N, class_cnts); val_preds = nan(ncomp, N); val_trues = nan(ncomp, N); val_probs = nan(ncomp, N, class_cnts); % format = 'Fold: %d comp: %d;\n'; for fold = 1:KFolds x_cal = x(cvp.training(fold), :, :); y_cal = y(cvp.training(fold), :); [x_cal_pp, sp_cal] = preprocess('calibrate', preprocess_methods, x_cal); x_val = x(cvp.test(fold), :); x_val_pp = preprocess('apply', sp_cal, x_val); y_val = y(cvp.test(fold), :); % Train a regression model % This code specifies all the model options and trains the model. for i = 1:ncomp % fprintf(format,fold,i); %disp(tab); fprintf('-') mdl_cal = plsda(x_cal_pp, y_cal, i, opts0); mdl = plsda(x_cal_pp,[], i,mdl_cal, opts0); y_cal_pred = mdl.classification.mostprobable; cal_preds(i, cvp.training(fold)) = y_cal_pred; s = size(mdl.classification.probability, 2); cal_probs(i, cvp.training(fold), 1:s) = mdl.classification.probability; cal_trues(i, cvp.training(fold)) = y_cal; mdl = plsda(x_val_pp,[],i,mdl_cal, opts0); y_val_pred = mdl.classification.mostprobable; val_preds(i, cvp.test(fold)) = y_val_pred; s = size(mdl.classification.probability, 2); val_probs(i, cvp.test(fold), 1:s) = mdl.classification.probability; val_trues(i, cvp.test(fold)) = y_val; end end

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