将以Tab为分隔形式存储的、没有行标签的、列包含""chrid","start","end","gene_id","gene_type","gene_name",以及"利用start和end计算得到的length""七列的gene.txt,用python对不同的"gene_type":先统计各length分布,绘制箱式图。再统计数目最多的物种,绘制饼图。最后将得到的图以300dpi分别保存到"Box diagram"、"Pie"两个pdf中。
时间: 2023-07-02 20:15:53 浏览: 82
好的,我可以帮你解决这个问题。首先,你需要安装一些Python库,包括pandas、matplotlib和seaborn。你可以在命令行中使用以下命令进行安装:
```
pip install pandas matplotlib seaborn
```
接下来,你可以使用以下代码来读取gene.txt文件并对不同的gene_type进行分析:
```python
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
# 读取gene.txt文件
df = pd.read_csv('gene.txt', sep='\t', header=None, names=['chrid', 'start', 'end', 'gene_id', 'gene_type', 'gene_name', 'length'])
# 统计各length分布并绘制箱式图
sns.boxplot(x='gene_type', y='length', data=df)
plt.title('Box diagram')
plt.savefig('Box diagram.pdf', dpi=300)
# 统计数目最多的gene_type并绘制饼图
top_gene_type = df['gene_type'].value_counts().nlargest(1).index[0]
counts = df[df['gene_type'] == top_gene_type]['gene_name'].value_counts()
plt.pie(counts, labels=counts.index)
plt.title('Pie')
plt.savefig('Pie.pdf', dpi=300)
```
这段代码将生成两个pdf文件,分别命名为"Box diagram.pdf"和"Pie.pdf",保存在当前目录下。注意,为了避免重复,这里使用了相对于当前目录的文件路径。如果你的gene.txt文件不在当前目录下,需要相应地修改文件路径。
希望这个回答能够帮到你!如果你有任何其他问题,请随时问我。
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