写一个严谨的python脚本,不依赖模块提取cds.fa文件中每个基因的最长转录本输出到一个新的fa文件
时间: 2024-05-02 18:23:47 浏览: 101
python使用docx模块读写docx文件的方法与docx模块常用方法详解
好的,以下是可以使用的 Python 脚本:
``` python
with open('cds.fa') as f:
gene_sequences = f.read().split('>')[1:]
longest_transcripts = {}
for gene_seq in gene_sequences:
split_seq = gene_seq.split('\n')
gene_name = split_seq[0]
transcript_sequences = ''.join(split_seq[1:])
transcripts = transcript_sequences.split('>')
transcripts_lengths = [len(s) for s in transcripts]
longest_transcripts[gene_name] = transcripts[transcripts_lengths.index(max(transcripts_lengths))]
with open('longest_transcripts.fa', 'w') as f:
for gene_name, transcript in longest_transcripts.items():
f.write(f'>{gene_name}\n{transcript}\n')
```
这个脚本不依赖于任何模块,可以打开并读取 `cds.fa` 文件,并提取每个基因的不同转录本序列。然后脚本计算每个基因各个转录本序列的长度,并找到其中最长的一个。最后,它会将每个基因中的最长转录本写入到 `longest_transcripts.fa` 文件中。注意,脚本的前两行打开并读取了 `cds.fa` 文件,因此需要将该文件放在与脚本相同的目录中才能运行。
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