SOAPdenovo-63mer配置参数

SOAPdenovo是一款用于de novo基因组组装的软件，其中63mer是指使用的K-mer长度。在配置SOAPdenovo的参数时，可以考虑以下几个方面：

1. 内存限制：SOAPdenovo需要大量的内存来运行，因此需要根据计算机的内存情况来设置内存限制。可以使用参数“max_rd_len”来控制读取序列的最大长度，从而减小内存需求。

2. K-mer长度：63mer表示使用长度为63的K-mer进行组装，可以根据数据集的特点和计算机的性能选择不同的K-mer长度。

3. 序列质量：在组装之前需要对序列进行质量控制，可以使用参数“q1”和“q2”来指定序列的质量阈值。

4. 序列数量：SOAPdenovo支持组装多个测序数据集，可以使用参数“q”来指定数据集的数量。

5. 磁盘空间：组装过程会产生大量的中间文件，需要足够的磁盘空间来存储这些文件。可以使用参数“d”来指定输出文件的目录。

综上所述，可以参考以下配置参数：

max_rd_len=150
[LIB]
q1=quality1.fq
q2=quality2.fq
n=2
[LIB]
q1=quality3.fq
q2=quality4.fq
n=2
K=63
d=/output/directory/

其中，“quality1.fq”和“quality2.fq”是第一个数据集的质量控制后的序列文件，“quality3.fq”和“quality4.fq”是第二个数据集的序列文件。