GetOrganelle组装线粒体的时候,怎么实现迭代组装,有不成环的地方怎么调整参数-w之类的,log显示kcov11,就要写k=11吗
时间: 2024-04-04 08:33:25 浏览: 122
GetOrganelle 是一种用于组装线粒体的工具,它使用迭代组装的方式来提高组装的准确性和完整性。在迭代组装过程中,GetOrganelle 会不断用之前得到的线粒体序列作为参考来进行新的组装。如果在组装过程中出现了不成环的情况,可以通过调整参数来解决。例如,可以尝试增加 k-mer 大小或者调整阈值等参数来改善组装结果。在 GetOrganelle 的日志文件中,log 显示 kcov11,表示 k-mer 覆盖率为 11 倍。如果想要得到更准确的组装结果,可以尝试调整 k-mer 大小和覆盖率等参数。
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