R语言做beta-NTI

Beta-NTI（Beta-nearest taxon index）是一种用于衡量生物群落组成差异的指数。R语言中可以使用phyloseq包来进行beta-NTI的计算。以下是一个简单的示例代码：

library(phyloseq)
# 导入OTU表和分类学注释信息
otu_table <- read.table("otu_table.txt", header=T, row.names=1, sep="\t")
tax_table <- read.table("tax_table.txt", header=T, row.names=1, sep="\t")
# 构建phyloseq对象
otu_physeq <- otu_table(t(otu_table), taxa_are_rows = TRUE)
tax_physeq <- tax_table(t(tax_table))
physeq <- merge_phyloseq(otu_physeq, tax_physeq)
# 计算beta-NTI
beta_nti <- betadisper(physeq, "bray")

其中，otu_table.txt为OTU表，tax_table.txt为分类学注释信息。betadisper()函数用于计算beta-NTI值，第二个参数指定使用bray距离计算beta-NTI。计算结果将保存在beta_nti变量中。