blast -help

`blast -help`命令可以列出Blast程序的所有可用参数，包括常用的和不常用的参数。下面是一些常用参数的说明：

-help                    显示帮助信息
-query <filename>        指定查询序列文件名
-db <database>           指定数据库名称
-out <filename>          指定输出文件名
-outfmt <format>         指定输出格式，默认为0（Pairwise）
-evalue <real>           指定期望值的阈值
-word_size <integer>     指定单词长度，默认为0（自动）
-gapopen <integer>       指定开放罚分，默认为0
-gapextend <integer>     指定扩展罚分，默认为0
-max_target_seqs <num>   指定在比对时返回的最大序列数，默认为500
-num_threads <integer>   指定使用的线程数，默认为1

还有其他很多参数，如查询掩码、数据库过滤、序列剪切等，可以通过`blast -help`命令查看。

相关问题

$items['admin/tripal/extension/tripal_blast/help'] = array( 'title' => 'Help', 'page callback' => 'theme', 'page arguments' => array('blast_help'), 'access arguments' => array('administer tripal'), 'type' => MENU_LOCAL_TASK, );

这是一个示例的Drupal菜单定义代码段。它定义了一个名为'admin/tripal/extension/tripal_blast/help'的菜单项，具有以下属性：

- 'title'属性定义了菜单项的标题为'Help'。
- 'page callback'属性指定了处理该菜单项的回调函数为'theme'。
- 'page arguments'属性定义了传递给回调函数的参数为数组['blast_help']。
- 'access arguments'属性定义了访问该菜单项所需的权限为'administer tripal'。
- 'type'属性指定了菜单项的类型为MENU_LOCAL_TASK。

这段代码的作用是在Drupal后台管理界面的菜单中添加一个名为'Help'的子菜单项，并指定了相关的回调函数和权限设置。请注意，这只是一个示例，实际使用时可能需要根据具体需求进行修改。

makeblastdb -dbtype prot in '/mnt/hgfs/H/DATA/Parvularcula_ncbi_dataset/P_dataset/all.fasta' -out parv USAGE makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type] -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids] [-hash_index] [-mask_data mask_data_files] [-mask_id mask_algo_ids] [-mask_desc mask_algo_descriptions] [-gi_mask] [-gi_mask_name gi_based_mask_names] [-out database_name] [-blastdb_version version] [-max_file_sz number_of_bytes] [-metadata_output_prefix ] [-logfile File_Name] [-taxid TaxID] [-taxid_map TaxIDMapFile] [-oid_masks oid_masks] [-version] DESCRIPTION Application to create BLAST databases, version 2.14.0+ Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments ======================================================================== Error: Too many positional arguments (1), the offending value: in Error: (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: in

根据你提供的命令行信息，你在尝试使用 NCBI Blast+ 工具中的 makeblastdb 命令创建一个蛋白质序列数据库，但是在命令中存在语法错误。正确的命令应该是：

makeblastdb -dbtype prot -in /mnt/hgfs/H/DATA/Parvularcula_ncbi_dataset/P_dataset/all.fasta -out parv

其中，`-dbtype prot` 表示创建的是蛋白质序列数据库，`-in` 指定输入的 FASTA 格式文件路径，`-out` 指定输出数据库的名称。