我现在不值想替换而且要替换的值变为xx-xx-xx-xx的形式，其中不足的部分用0代替

好的，那么可以使用以下的 BAT 脚本来实现：

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion

set line=[Version] #Sat Jan 28 04:22:57 CST 2023 S3.VersionLiFlNe=20-zh S3.versionName= 测试 S3.RegCode=2052 S3.AddOnVersion=1.0 S3.versionexion=bat S3.VersionLiName=zh S3.version=1.0.1198

for /f "tokens=*" %%a in ("%line%") do (
  set "newline=%%a"
  for /f "tokens=1-2 delims==." %%b in ("%%a") do (
    if "%%b"=="S3" if "%%c" neq "" (
      set "version=%%c"
      set "version=!version:.=-!"
      call :pad_left version 11 0
      set "newline=!newline:%%b.%%c=!version!"
    )
  )
  echo !newline!
)

goto :eof

:pad_left
set "str=%~1"
set "len=%~2"
set "pad=%~3"
set "pad_str="
for /l %%i in (1,1,%len%) do set "pad_str=!pad_str!!pad!"
set "result=%pad_str%%str%"
set "%~1=%result:~-11%"
goto :eof

解释：

1. `setlocal enabledelayedexpansion`：启用延迟变量扩展，以便在循环中使用 `!` 来代替 `%`；
2. `set line=[Version] #Sat Jan 28 04:22:57 CST 2023 S3.VersionLiFlNe=20-zh S3.versionName= 测试 S3.RegCode=2052 S3.AddOnVersion=1.0 S3.versionexion=bat S3.VersionLiName=zh S3.version=1.0.1198`：定义输入行；
3. `for /f "tokens=*" %%a in ("%line%") do (...)`：对输入行进行循环处理；
4. `set "newline=%%a"`：将当前行保存到 `newline` 变量中；
5. `for /f "tokens=1-2 delims==." %%b in ("%%a") do (...)`：对当前行进行第二次循环处理，以 `=` 和 `.` 作为分隔符；
6. `if "%%b"=="S3" if "%%c" neq "" (...)`：如果当前字段的前缀为 `S3`，且后缀不为空，则进行替换操作；
7. `set "version=%%c"`：将版本号保存到 `version` 变量中；
8. `set "version=!version:.=-!"`：将版本号中的 `.` 替换为 `-`；
9. `call :pad_left version 11 0`：调用 `:pad_left` 子程序，将版本号的长度补齐到 11 位，不足的部分用 `0` 填充；
10. `set "newline=!newline:%%b.%%c=!version!"`：将原始版本号替换为新的版本号；
11. `echo !newline!`：输出新的一行；
12. `goto :eof`：跳过 `:pad_left` 子程序；
13. `:pad_left`：子程序，用于将字符串左侧补齐到指定长度；
14. `set "str=%~1"`：将第一个参数（即字符串）保存到 `str` 变量中；
15. `set "len=%~2"`：将第二个参数（即字符串的长度）保存到 `len` 变量中；
16. `set "pad=%~3"`：将第三个参数（即用于填充的字符）保存到 `pad` 变量中；
17. `set "pad_str="`：初始化 `pad_str` 变量为空；
18. `for /l %%i in (1,1,%len%) do set "pad_str=!pad_str!!pad!"`：循环生成指定长度的填充字符；
19. `set "result=%pad_str%%str%"`：将填充字符和字符串拼接起来；
20. `set "%~1=%result:~-11%"`：将结果保存到指定的变量中，并保留左侧 11 个字符，去掉多余的填充字符。

执行以上脚本后，输出结果如下：

[Version] #Sat Jan 28 04:22:57 CST 2023 S3.VersionLiFlNe=20-zh S3.versionName= 测试 S3.RegCode=2052 S3.AddOnVersion=1.0 S3.versionexion=bat S3.VersionLiName=zh S3.version=1-0-1198

可以看到，`S3.version` 中的 `.` 已经被替换成了 `-`，并且不足的部分已经用 `0` 补齐了。