canu 下载使用

Canu是一个基于重叠布局的长读长组装器，用于组装大型基因组。以下是Canu的下载和使用步骤：

1.下载Canu

Canu可以从GitHub上下载，也可以通过conda或者Homebrew进行安装。

从GitHub下载：

git clone https://github.com/marbl/canu.git
cd canu/src
make -j <number of threads>

2.使用Canu

Canu的使用非常简单，只需要用以下命令执行即可：

canu -p <prefix> -d <directory> genomeSize=<size> -nanopore <fastq>

其中，<prefix> 是输出文件的前缀，<directory> 是输出文件的目录，<size> 是基因组大小的估计值，<fastq> 是输入的fastq文件。

例如，如果要组装一个大小为5G的基因组，输入文件为example.fastq，输出文件前缀为example，输出目录为/home/user/output，则Canu的命令如下所示：

canu -p example -d /home/user/output genomeSize=5g -nanopore example.fastq

这样就可以开始组装了，Canu会在输出目录中生成各种文件，包括组装结果和中间文件等。