LAMMPS模拟SiO2沉积过程

LAMMPS是一种分子动力学模拟软件，可用于模拟SiO2沉积过程。以下是一个简单的LAMMPS输入文件示例，其中使用了Lennard-Jones势函数来描述原子之间的相互作用。该模拟使用周期性边界条件，其中Si和O原子以固定的速率沉积在一个SiO2表面上。该模拟还记录了沉积过程中的能量和动量。

# SiO2 deposition simulation

# Setup simulation box
units           lj
dimension       3
boundary        p p p
atom_style      atomic
neighbor        0.5 bin
neigh_modify    every 20 delay 0 check no

# Define potential
pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 1.0 2.5
pair_coeff      2 2 1.0 1.0 2.5
pair_coeff      1 2 1.0 1.0 2.5

# Define simulation box dimensions
read_data       SiO2_surface.data
region          box block 0 100 0 100 0 50
create_box      2 box
create_atoms    1 region box
replicate       1 1 2

# Define simulation parameters
timestep        0.005
thermo_style    custom step pe ke etotal temp press
thermo          100
dump            1 all xyz 100 SiO2_deposition.xyz
fix             1 all nvt temp 1.0 1.0 100.0
fix             2 all momentum 1 linear 1 1 1

# Define deposition process
velocity        all create 1.0 87287
fix             3 all deposit 10 2 100 12345 region 1 side in
run             10000

# End simulation
write_data      final_structure.data