只要TSV结尾的而不要TSV下的字文件
时间: 2024-03-04 09:48:05 浏览: 119
如果你只想要 `gdc_download` 目录下的 `gene_counts.tsv` 文件,而不包括其子目录下的文件,可以这样修改代码:
```
count_file <- list.files('gdc_download', pattern = '^gene_counts\\.tsv$', full.names = TRUE)
```
这里使用了正则表达式 `'^gene_counts\\.tsv$'`,表示匹配以 `gene_counts.tsv` 结尾的文件名(注意这里的点号 `.` 需要转义)。`full.names` 参数设置为 `TRUE`,表示返回文件的完整路径。这样得到的 `count_file` 变量就是一个包含所有匹配文件的完整路径的字符向量。
相关问题
sed '/ˆ#/! s/ˆ[0-9]\+\t\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)$/\2\t\1/' ./S.taxID.count.tsv > ./S.taxName.count.tsv请详细解释这句代码
这段代码是使用sed命令对文件进行文本替换操作。下面是对代码的详细解释:
1. `sed`: 是一个流式文本编辑器,用于对文本进行处理和转换。
2. `'/ˆ#/! s/ˆ[0-9]\+\t\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)$/\2\t\1/'`: 是sed的替换命令,用于对输入的文本进行替换操作。
- `/ˆ#/!`: 是一个模式匹配,表示不匹配以`#`开头的行。
- `s/ˆ[0-9]\+\t\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)$/\2\t\1/`: 是替换的规则,将匹配到的文本进行替换。
- `ˆ[0-9]\+\t`: 匹配以数字开头并以制表符`\t`结尾的文本。
- `\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)`: 使用括号进行分组匹配,匹配以任意字符开头、包含字母和下划线的文本,并以非分号字符结尾。
- `\2\t\1`: 替换的格式,将匹配到的文本中的第二个分组`\2`和第一个分组`\1`进行调换,并用制表符`\t`分隔。
最终,该命令会将输入文件`./S.taxID.count.tsv`中满足条件的文本进行替换,并将结果输出到`./S.taxName.count.tsv`文件中。
sed '/ˆ#/! s/ˆ[0-9]\+\t\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)$/\2\t\1/' \ ./out/S.taxID.count.tsv > ./out/S.taxName.count.tsv 请检查并详细解释这句代码
这段代码是使用sed命令对文件进行处理的操作。下面是对代码的详细解释:
1. `sed`: 是一个流编辑器,用于对文本进行处理和转换。
2. `'/ˆ#/! s/ˆ[0-9]\+\t\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)$/\2\t\1/'`: 这是sed命令的参数部分,用于指定要执行的操作。
- `/ˆ#/!`: 这是一个模式匹配,表示不匹配以`#`开头的行。
- `s/ˆ[0-9]\+\t\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)$/\2\t\1/`: 这是替换操作,将匹配到的内容进行替换。
- `ˆ[0-9]\+\t`: 匹配以数字开头并以制表符结尾的内容。
- `\(.*[A-Za-z]\+__\([ˆ;]\+\)\)`: 这是一个分组,匹配以字母开头并以`__`结尾的内容,并且`__`后面不能有`;`。
- `\2\t\1`: 这是替换的格式,将分组中的内容按照指定的顺序进行替换。
3. `./out/S.taxID.count.tsv`: 这是输入文件的路径和文件名。
4. `> ./out/S.taxName.count.tsv`: 这是输出文件的路径和文件名,将处理后的结果输出到指定的文件中。
总结起来,这段代码的作用是将输入文件中满足特定条件的内容进行替换,并将处理后的结果输出到指定的文件中。具体的替换规则是将以数字开头并以制表符结尾的内容中,以字母开头并以`__`结尾的部分和其前面的部分进行位置交换,并用制表符分隔。