ASE让原子之间成键的命令
时间: 2024-03-08 13:50:18 浏览: 12
ASE是一个Python库,因此需要使用Python编写代码来让原子之间成键。以下是使用ASE库进行分子动力学模拟的示例代码,让原子之间成键的过程在模拟中自动发生:
```python
from ase import Atoms
from ase.calculators.emt import EMT
from ase.md.velocitydistribution import MaxwellBoltzmannDistribution
from ase.md import Langevin
from ase.io import Trajectory
# 定义一个含有10个氢原子的分子
atoms = Atoms('H10', positions=[(0, 0, 0)] * 10)
# 设置计算方法为EMT(经验势函数)
atoms.set_calculator(EMT())
# 初始化速度分布
MaxwellBoltzmannDistribution(atoms, 300 * units.kB)
# 设置Langevin动力学模拟参数
dyn = Langevin(atoms, 1 * units.fs, 300 * units.kB, 0.1)
# 运行模拟
traj = Trajectory('h2o.traj', 'w')
dyn.attach(traj.write)
dyn.run(1000)
# 结果存储在h2o.traj文件中
```
在这个示例代码中,我们创建了一个含有10个氢原子的分子,并使用EMT经验势函数作为计算方法。然后使用Langevin动力学模拟方法进行模拟,让原子之间自动形成键连关系。模拟结果将存储在h2o.traj文件中。