修改RuntimeError: found difference in connectivity。import spdkit from spdkit import * m1 = Molecule.from_file("POSCAR1") m2 = Molecule.from_file("POSCAR2") dis = m1.disparity_between(m2) m1.rebond() m1.rebond() rmsd = m1.resemble_rigidly(m2) print(rmsd)
时间: 2024-03-05 22:50:14 浏览: 32
这个错误通常是由于分子之间的连接方式不一致导致的。在计算 RMSD 值之前,需要确保两个分子具有相同的连接方式。您可以尝试以下修改:
```python
import spdkit
from spdkit import *
# 读取分子文件
m1 = Molecule.from_file("POSCAR1")
m2 = Molecule.from_file("POSCAR2")
# 重新确定原子之间的连接方式
m1.rebond()
m2.rebond()
# 检查分子之间的差异性
dis = m1.disparity_between(m2)
if dis:
# 如果分子之间存在差异性,则修正分子的连接方式
m1.fix_bonds(m2.get_bonds())
# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.resemble_rigidly(m2)
print(rmsd)
```
这里使用 `fix_bonds` 函数修正分子的连接方式,如果两个分子之间存在差异性,则将第一个分子的连接方式更新为第二个分子的连接方式。然后再计算 RMSD 值。
相关问题
RuntimeError: found difference in connectivity
这个错误通常是由于计算中出现了错误的原子连接方式造成的,比如两个原子之间的键长不符合预期。这可能是由于输入数据中原子位置或键长的误差或不准确性引起的,或者是由于计算方法或参数的问题引起的。您可以尝试检查输入数据中原子和键的位置和长度是否正确,或者尝试使用不同的计算方法和参数进行计算,以解决这个问题。如果您需要更具体的帮助,请提供更多的信息,例如出现问题的具体情况、计算的具体细节等。
runtimeerror: failed to import transformers.models.bert.modeling_bert becaus
runtimeerror: failed to import transformers.models.bert.modeling_bert错误是由于在导入transformers中的BERT模型时出现了问题。该错误可能有多种可能的原因。
首先,可能是因为您没有正确安装transformers库或该库的某些依赖项。请确保已正确安装transformers库,并且您的环境中已安装了所有必需的依赖项。您可以使用pip或conda来安装该库,具体取决于您使用的是哪个Python包管理器。
其次,可能是因为您尝试导入的BERT模型的路径或名称不正确。请检查您的导入语句,并确保正确指定了BERT模型所在的路径和名称。您可以查看transformers文档来获取正确的模型导入语句示例。
另外,可能是因为您的系统缺少必需的依赖项。某些模型可能需要特定的依赖项才能正确导入。请查看transformers文档,了解与所使用的BERT模型相关的所有必备系统依赖项,并确保您的系统已正确安装它们。
最后,如果以上方法仍无法解决问题,可能是因为您的transformers库版本过旧或过新,导致与BERT模型的兼容性问题。请尝试更新或回滚transformers库的版本,以确保与您使用的BERT模型兼容的transformers版本。
综上所述,runtimeerror: failed to import transformers.models.bert.modeling_bert错误可能是由于transformers库安装问题、路径或名称错误、缺少系统依赖项或与BERT模型不兼容的库版本等问题引起的。您可以通过检查和解决以上问题来解决此错误。
相关推荐
![pdf](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083512.png)
![pdf](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083512.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)