如何将一个文件夹里面的心电数据记录转化为一个数据集
时间: 2024-03-04 11:49:37 浏览: 20
将一个文件夹里面的心电数据记录转化为一个数据集,可以按照以下步骤进行:
1. 导入必要的库。
```python
import os
import wfdb
import numpy as np
```
2. 定义一个函数,用于读取单个心电数据记录并返回其信号和标注。
```python
def read_record(record_path):
record = wfdb.rdrecord(record_path)
signal = record.p_signal[:, 0] # 取第一列信号
annotation = wfdb.rdann(record_path, 'atr')
return signal, annotation.symbol
```
在上述代码中,`wfdb.rdrecord` 函数用于读取心电数据记录,`record.p_signal` 属性获取数据记录中的信号,`:, 0` 用于选择信号的第一列。`wfdb.rdann` 函数用于读取数据记录中的标注,`'atr'` 参数指定标注文件的类型,`.symbol` 属性获取标注的符号。
3. 定义一个函数,用于读取一个文件夹里的所有心电数据记录并返回一个数据集。
```python
def load_dataset(folder_path):
record_list = os.listdir(folder_path)
X = []
y = []
for record_name in record_list:
record_path = os.path.join(folder_path, record_name)
signal, annotation = read_record(record_path)
X.append(signal)
y.append(annotation)
X = np.array(X)
y = np.array(y)
return X, y
```
在上述代码中,`os.listdir` 函数用于获取文件夹里的所有文件名,`os.path.join` 函数用于将文件夹路径和文件名拼接在一起,形成一个完整的文件路径。`read_record` 函数用于读取单个心电数据记录,并将其信号和标注添加到 `X` 和 `y` 列表中。最后,将 `X` 和 `y` 转化为 Numpy 数组,并返回数据集。
完整的代码示例:
```python
import os
import wfdb
import numpy as np
def read_record(record_path):
record = wfdb.rdrecord(record_path)
signal = record.p_signal[:, 0] # 取第一列信号
annotation = wfdb.rdann(record_path, 'atr')
return signal, annotation.symbol
def load_dataset(folder_path):
record_list = os.listdir(folder_path)
X = []
y = []
for record_name in record_list:
record_path = os.path.join(folder_path, record_name)
signal, annotation = read_record(record_path)
X.append(signal)
y.append(annotation)
X = np.array(X)
y = np.array(y)
return X, y
```
使用示例:
```python
X, y = load_dataset('mit-bih-arrhythmia-database-1.0.0/')
print(X.shape, y.shape)
```
上述代码将读取 `mit-bih-arrhythmia-database-1.0.0/` 文件夹里的所有心电数据记录,并将其转化为一个数据集。数据集的输入 `X` 是一个形状为 `(样本数, 信号长度)` 的 Numpy 数组,输出 `y` 是一个形状为 `(样本数, 标注长度)` 的 Numpy 数组,其中每个元素是一个字符串,表示标注符号。