使用java根据现有二部网文件提取带权重的基因子网

假设你已经有了一个二部网文件，其中包含了基因和其它节点及它们之间的连接关系，那么你需要进行以下步骤来提取带权重的基因子网：

1. 读取二部网文件，将基因及其连接关系提取出来。
2. 对基因进行去重操作，得到不重复的基因列表。
3. 创建一个二维数组或映射表，记录基因之间的连接情况和权重。
4. 遍历二部网文件中的每个连接，如果连接的两个节点都是基因，则在数组或映射表中对应位置的权重加上连接权重。
5. 最终得到的数组或映射表即为带权重的基因子网。

以下是一个简单的 Java 代码示例：

import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;
import java.util.*;

public class GeneNetworkExtractor {
    public static void main(String[] args) {
        String inputFile = "path/to/bipartite_network.txt";
        Map<String, Integer> geneIndexMap = new HashMap<>();
        List<String> genes = new ArrayList<>();
        double[][] geneNetwork = null;

        try (BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(inputFile))) {
            String line;
            while ((line = reader.readLine()) != null) {
                String[] parts = line.trim().split("\t");
                if (parts.length != 3) {
                    continue;
                }
                String node1 = parts[0];
                String node2 = parts[1];
                double weight = Double.parseDouble(parts[2]);
                if (!geneIndexMap.containsKey(node1)) {
                    geneIndexMap.put(node1, geneIndexMap.size());
                    genes.add(node1);
                }
                if (!geneIndexMap.containsKey(node2)) {
                    geneIndexMap.put(node2, geneIndexMap.size());
                    genes.add(node2);
                }
                int index1 = geneIndexMap.get(node1);
                int index2 = geneIndexMap.get(node2);
                if (geneNetwork == null) {
                    geneNetwork = new double[genes.size()][genes.size()];
                }
                geneNetwork[index1][index2] += weight;
                geneNetwork[index2][index1] += weight;
            }
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }

        // Print the gene network with weights
        System.out.print("\t");
        for (String gene : genes) {
            System.out.print(gene + "\t");
        }
        System.out.println();
        for (int i = 0; i < geneNetwork.length; i++) {
            System.out.print(genes.get(i) + "\t");
            for (int j = 0; j < geneNetwork[i].length; j++) {
                System.out.print(geneNetwork[i][j] + "\t");
            }
            System.out.println();
        }
    }
}

这段代码将读取一个名为 `bipartite_network.txt` 的二部网文件，提取其中的基因节点及其连接关系，然后构建带权重的基因子网。程序输出的结果类似于下面这样：

        GeneA   GeneB   GeneC   GeneD
GeneA   0.0     3.0     0.0     1.0
GeneB   3.0     0.0     2.0     0.0
GeneC   0.0     2.0     0.0     0.0
GeneD   1.0     0.0     0.0     0.0

其中，第一行和第一列是基因列表，其余部分是基因之间的权重矩阵。该矩阵中，每个元素表示相应基因之间的连接权重，如果两个基因没有连接，则权重为0。