Qiime2双端含由引物的数据 分析代码
时间: 2023-05-27 21:08:09 浏览: 69
以下是Qiime2分析双端含有引物的数据的代码:
1. 导入数据
qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path sample_manifest.txt \
--output-path paired-end-demux.qza \
--input-format PairedEndFastqManifestPhred33V2
2. 过滤数据
qiime demux summarize \
--i-data paired-end-demux.qza \
--o-visualization paired-end-demux.qzv
qiime quality-filter q-score-joined \
--i-demux paired-end-demux.qza \
--p-min-quality 20 \
--o-filtered-sequences paired-end-filtered.qza \
--o-filter-stats paired-end-filter-stats.qza
3. 对序列进行特征分析
qiime dada2 denoise-paired \
--i-demultiplexed-seqs paired-end-filtered.qza \
--p-trim-left-f 13 \
--p-trim-left-r 13 \
--p-trunc-len-f 240 \
--p-trunc-len-r 240 \
--o-table table.qza \
--o-representative-sequences rep-seqs.qza \
--o-denoising-stats denoising-stats.qza
4. 对特征进行分类
qiime feature-classifier classify-sklearn \
--i-classifier classifier.qza \
--i-reads rep-seqs.qza \
--o-classification taxonomy.qza
qiime metadata tabulate \
--m-input-file taxonomy.qza \
--o-visualization taxonomy.qzv
5. 对分类结果进行可视化
qiime taxa barplot \
--i-table table.qza \
--i-taxonomy taxonomy.qza \
--m-metadata-file sample_metadata.tsv \
--o-visualization taxa-bar-plots.qzv
以上代码仅供参考,具体操作需要根据数据和分析需求进行调整。