高通量测序中，reads、contigs、scaffold之间的联系

在高通量测序中，reads（读取）是原始的DNA序列数据，通常由测序仪器生成。这些reads可以很短，通常只有几十个碱基（bp），或者非常长，可能超过数万bp。

为了更好地理解DNA序列，研究人员通常会将reads组装成更长的序列，形成contigs（连通片段）。Contigs是由相互重叠的reads拼接而成的，通常比reads长得多，可以包含数千到数百万个碱基对（bp）。

然而，contigs通常仍然不足以代表完整的染色体或基因组，因为它们无法覆盖所有的DNA区域。为了解决这个问题，研究人员会利用一些辅助信息，例如物理图谱、基因组映射数据等，将contigs组装成更大的序列，形成scaffold（支架）。Scaffold是由多个contigs拼接而成的，其中一些区域是未知的，由一些N（代表未知碱基）填充。

因此，在高通量测序中，reads、contigs和scaffold之间存在以下关系：reads是初始的DNA序列数据，contigs是由reads组装而成的更长的序列，scaffold是由contigs组装而成的更大的序列。这些序列可以被用来研究基因组结构、功能和进化等方面。