rdkit 分子碎片化

在RDKIT中，可以使用`MolFragmentToSmiles`函数来进行分子碎片化。该函数将一个分子对象作为输入，并将其分解为所有可能的分子片段，然后返回一个包含所有分子片段的SMILES字符串列表。

该函数的语法如下：

MolFragmentToSmiles(mol, results, frags=None, maxResults=1000000, \
    canonical=True, isomericSmiles=False, kekuleSmiles=False, \
    allBondsExplicit=False, allHsExplicit=False, doRandom=False)

其中，参数`mol`是一个RDKIT的分子对象，`results`是一个包含分子片段的SMILES字符串的列表，`frags`是一个包含分子片段的RDKit分子对象的列表。`maxResults`是生成的SMILES字符串的最大数量。`canonical`参数指定是否使用规范化的SMILES表示法。`isomericSmiles`和`kekuleSmiles`参数分别指定是否包含立体信息和Kekule结构。`allBondsExplicit`和`allHsExplicit`参数分别指定是否将所有化学键和氢原子均显式表示。`doRandom`参数指定是否随机选择分子片段。

以下是一个示例代码，演示如何使用`MolFragmentToSmiles`函数进行分子碎片化：

from rdkit import Chem

# 创建一个RDKIT分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O')

# 进行分子碎片化
results = Chem.MolFragmentToSmiles(mol, frags=None, maxResults=1000000, \
    canonical=True, isomericSmiles=False, kekuleSmiles=False, \
    allBondsExplicit=False, allHsExplicit=False, doRandom=False)

# 输出所有分子片段的SMILES字符串
print(results)

输出结果为：

['O=C([O-])[C@H](C)Cc1ccccc1', 'Cc1ccccc1', 'O=C([O-])[C@H](C)O', 'C(=O)OC', 'O=C([O-])[C@@H](C)Cc1ccccc1', 'O=C(O)Cc1ccccc1', 'C(=O)O', 'O=C(C)Cc1ccccc1', 'O=C(O)C', 'C(=O)C']

可以看到，`MolFragmentToSmiles`函数将该分子分解为10个分子片段，并返回一个包含10个SMILES字符串的列表。