SPAdes输出的文件类型有哪些

SPAdes是一个基于基因组组装的工具，输出的文件类型包括：

1. contigs.fasta：组装得到的contigs序列文件。

2. scaffolds.fasta：组装得到的scaffolds序列文件。

3. assembly_graph.fastg：组装得到的de Bruijn图信息文件。

4. contigs.paths：contigs序列在de Bruijn图上的路径信息文件。

5. scaffolds.paths：scaffolds序列在de Bruijn图上的路径信息文件。

6. spades.log：SPAdes运行日志文件，包括组装参数、运行时间、内存使用情况等信息。

7. assembly_info.txt：组装结果的统计信息文件，包括contigs和scaffolds数量、N50、总长度等信息。

8. K21、K33、K55等子文件夹：包含相应k-mer长度下的de Bruijn图信息文件，用于后续分析和比对。

9. tmp子文件夹：临时文件夹，包含组装过程中产生的临时文件。