MATLAB 火山图 基因标注
时间: 2023-09-03 08:08:17 浏览: 130
MATLAB 可以通过使用 `volcanoplot` 函数来绘制火山图,可以使用 `text` 函数在图中添加基因标注。
以下是一个简单的示例代码:
```matlab
% 生成随机数据
fc = rand(1000,1);
pval = rand(1000,1);
genes = cellstr(num2str((1:1000)')); % 基因名称
% 绘制火山图
volcanoplot(-log10(pval), log2(fc), fc < 0.05, 'label', genes);
% 添加基因标注
idx = find(pval < 0.05 & abs(fc) > 1);
text(-log10(pval(idx)), log2(fc(idx)), genes(idx), 'HorizontalAlignment', 'center', 'VerticalAlignment', 'bottom', 'FontSize', 6);
```
其中,`fc` 是折叠变化值,`pval` 是显著性水平,`genes` 是基因名称。`volcanoplot` 函数的第一个参数是 $-\log_{10}(p\text{-value})$,第二个参数是 $\log_2(\text{fold change})$,第三个参数是一个逻辑向量,用于指示哪些数据点是显著的。`text` 函数用于添加基因标注,`idx` 是需要标注的基因的索引。
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