rdkit中qed模块计算类药性的原理是什么,和lipinski模块计算类药性的异同,请举例说明
时间: 2024-06-10 15:08:27 浏览: 233
QED(Quantitative Estimation of Drug-likeness)和Lipinski's Rule of Five是计算分子类药性指标的两种常用方法。它们都是通过计算分子的物理化学性质来预测化合物在体内是否可以成为有效的药物分子。
QED是基于分子的物化特性(如分子质量、红外活性、比表面积等),直接估算分子的类药性。Lipinski's Rule of Five则是基于药物化学家Lipinski的研究,提出了五个分子化学性质的阈值,即分子量(不超过500)、互溶性(LogP不超过5)、氢键供体数不超过5、氢键受体数不超过10、脂肪族和芳香族占比不超过90%。如果一个药物分子同时满足这五条规则,则通常认为它具有良好的口服吸收性和进入脑部的能力。
举个例子,对于化合物aspirin,其分子量为180.16 Da,LogP为1.20,其中含有2个氢键供体和3个氢键受体,芳香族化合物含量为44.44%。它同时符合Lipinski's Rule of Five的五个要求,因此按照Lipinski的标准,aspirin具有良好的口服吸收性和进入脑部的能力。而对于QED模型来说,需要将化合物各个物理化学性质计算到一个综合指标QED值,其值越大,说明分子的类药性越好。
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rdkit库中QED计算类药性的原理是什么,和lipinskin计算类药性的原理有什么异同,请举例说明
计算药物性质的方法与库可能不是我的专长,但我可以尝试回答你的问题。QED(Quantitative Estimate of Drug-likeness)是一种基于分子结构的药物性质计算方法,它通过计算一系列分子描述符来预测药物性质,如溶解度、生物利用度、毒性等。而Lipinski's Rule of Five则是一个基于经验的规则,它简单地列出了药物分子应该满足的某些物化特征,例如分子量、脂水分配系数等,以预测其口服生物可利用性。QED和Lipinski计算类药性的方法有异同,异同在于:QED使用了更多的和分子性质相关的指标来计算,准确度也相对更高;而Lipinski的规则更加简单易懂、容易计算,但受限于其基于经验的本质,预测的准确度可能略低。
rdkit中qed模块的原理是什么
QED (Quantitative Estimation of Drug-likeness) 是计算分子药物样性的一种方法,它是基于分子中的一系列拓扑和物理化学性质,例如分子的分子量、分子中的原子数、化学键数、亲水性、分子的可溶性等。RDKit 中的 QED 模块可以用于预测分子的药物活性和可能的药理学效果。
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