请帮我解读一下。IQ-TREE multicore version 2.2.2.7 COVID-edition for Linux 64-bit built Jun 7 2023 Developed by Bui Quang Minh, James Barbetti, Nguyen Lam Tung, Olga Chernomor, Heiko Schmidt, Dominik Schrempf, Michael Woodhams, Ly Trong Nhan. Input tree/split network file name: gene_tree.treefile Input file format: Newick Type of measure: Rooted phylogenetic diversity (PD) Search objective: Maximum Search algorithm: Detected -> Greedy Search option: Single optimal set Type of analysis: Subset size k on tree Tree size: 24 taxa, 46 branches ============================================================================== For k = 4 the optimal PD score is 0.894235 The optimal PD set has 4 taxa: Dste Aver Ddac Dpar Corresponding sub-tree: ((Aver:0.212139,((Dste:0.165408,Ddac:0.138331):0.112976,Dpar:0.129989):0.0179965):0.117395); ============================================================================== Time used: 4.5e-05 seconds. Finished time: Tue Jul 11 20:52:16 2023
时间: 2023-08-23 14:54:36 浏览: 166
根据您提供的信息,这是 iqtree 输出的分析结果解读:
- IQ-TREE 版本:这是 IQ-TREE 的多核版本 2.2.2.7 COVID-edition,适用于 Linux 64 位系统,构建于 2023 年 6 月 7 日。
- 开发人员:IQ-TREE 的开发团队成员包括 Bui Quang Minh、James Barbetti、Nguyen Lam Tung、Olga Chernomor、Heiko Schmidt、Dominik Schrempf、Michael Woodhams 和 Ly Trong Nhan。
接下来是具体分析结果的解读:
- 输入文件名和格式:输入的树文件名为 gene_tree.treefile,格式为 Newick。
- 分析类型和目标:分析类型是基于树的子集大小 k 的根基因谱多样性(Rooted phylogenetic diversity, PD),目标是寻找最大值。
- 搜索算法:检测到使用的搜索算法是贪婪算法(Greedy)。
- 搜索选项:选择了单一最优解(Single optimal set)的搜索选项。
- 树的信息:输入树有 24 个分类单元(taxa)和 46 条分支(branches)。
下面是具体的分析结果:
- 对于 k = 4,最优的 PD 得分是 0.894235。
- 最优的 PD 子集包括以下 4 个分类单元(taxa): Dste, Aver, Ddac, Dpar。
- 对应的子树结构为:((Aver:0.212139,((Dste:0.165408,Ddac:0.138331):0.112976,Dpar:0.129989):0.0179965):0.117395)。
其他信息:
- 时间使用:分析使用的时间为 4.5e-05 秒(即 0.000045 秒)。
- 完成时间:分析完成的时间为 2023 年 7 月 11 日,晚上 20:52:16。
请注意,以上解读仅基于提供的信息,具体结果的解释可能需要进一步了解相关背景知识。
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