如何解决以上代码警告的问题
时间: 2024-09-28 15:14:12 浏览: 30
CSS代码 解决网页挂马问题
这个警告是因为您尝试通过`--cut_front_window_size`、`--cut_front_mean_quality`等选项来控制数据质量,但并未选择具体的切割模式(`cut_front`、`cut_tail`或`cut_right`)。由于这些选项实际上没有被激活,因此剪切操作将不会被执行。
要解决这个问题,需要明确地启用其中的一个切割模式,以便fastp能够识别并执行相应的质量控制步骤。例如,您可以添加`--cut_front`,使其只剪切头部质量低的部分;如果只想针对尾部质量差的序列进行操作,则应使用`--cut_tail`,依此类推。
修改后的命令可能会看起来像这样:
```sh
fastp -l 20 -q 20 \
--cut_front_window_size=1 --cut_front_mean_quality=3 \
--cut_tail_window_size=1 --cut_tail_mean_quality=3 \
--cut_right_window_size=4 --cut_right_mean_quality=15 \
--length_required=36 \
--cut_front \
-i /share/data-whphs-e/DATA/20240822_WM_WGBS/90G/01.RawData/NBS_1.fq.gz \
-I /share/data-whphs-e/DATA/20240822_WM_WGBS/90G/01.RawData/NBS_2.fq.gz \
-o /share/data-whphs-e/DATA/GuSY/BS_seq_WM/cleandata/NBS_clean_1.fq.gz \
-O /share/data-whphs-e/DATA/GuSY/BS_seq_WM/cleandata/NBS_clean_2.fq.gz \
-R /share/data-whphs-e/DATA/GuSY/BS_seq_WM/cleandata/NBS \
-h /share/data-whphs-e/DATA/GuSY/BS_seq_WM/cleandata/NBS.fastp.html \
-j /share/data-whphs-e/DATA/GuSY/BS_seq_WM/cleandata/NBS.fastp.json
```
现在,只要选择了合适的切割模式,fastp就会按照您的设定对数据进行质量控制。
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