如何使用python将一组dicom格式文件转换成nifti格式，并给出示例代码

在Python中，我们可以使用第三方库如`pydicom`来读取DICOM文件，然后利用`nipype`或者`dcm2niix`这样的工具来进行转换。这里以`dcm2niix`为例，因为它是专为医学影像数据转换设计的命令行工具，虽然不是直接在Python脚本中操作，但我们可以在Python脚本中调用它的。

首先，你需要安装必要的库，可以使用`pip`安装：

pip install pydicom nibabel dcmdjpeg nipy

然后，你可以使用`subprocess`模块在Python中执行外部命令来调用`dcm2niix`。下面是一个简单的示例代码：

import subprocess

# 指定需要转换的DICOM文件夹路径
input_dir = 'path/to/dicom/files'
output_file = 'output.nii.gz'

# 使用dcm2niix命令行工具转换
command = f'dcm2niix -f {output_file} -z y -o {output_dir} "{input_dir}"'

# 执行命令
try:
    result = subprocess.run(command, shell=True, capture_output=True)
    if result.returncode != 0:
        print(f"转换失败，错误信息: {result.stderr.decode()}")
except FileNotFoundError:
    print("请先安装dcm2niix并添加到PATH环境变量")