生成motif邻接矩阵python

生成motif邻接矩阵是一种用于描述网络结构的方法，其中motif是指网络中的一种特定的子图模式。在Python中，可以使用NetworkX库来生成motif邻接矩阵。下面是一个简单的示例代码：

import networkx as nx
import numpy as np

# 创建一个有向图
G = nx.DiGraph()

# 添加节点
G.add_nodes_from([1, 2, 3, 4, 5])

# 添加边
G.add_edges_from([(1, 2), (2, 3), (3, 4), (4, 5), (5, 1)])

# 定义motif的邻接矩阵
motif_matrix = np.array([[0, 1, 0, 0, 0],
                         [0, 0, 1, 0, 0],
                         [0, 0, 0, 1, 0],
                         [0,0, 0, 0, 1],
                         [1, 0, 0, 0, 0]])

# 计算motif邻接矩阵
adj_matrix = nx.adjacency_matrix(G).toarray()

# 判断是否存在motif
if np.array_equal(adj_matrix, motif_matrix):
    print("存在该motif")
else:
    print("不存在该motif")

上述代码中，首先创建了一个有向图G，并添加了节点和边。然后定义了一个motif的邻接矩阵，表示所需的子图模式。接着使用NetworkX库的adjacency_matrix函数计算了图G的邻接矩阵，并将其转换为数组形式。最后，通过比较计算得到的邻接矩阵和motif的邻接矩阵，判断是否存在该motif。