如果用连锁不平衡(LD)修剪后的SNP分析没有想要的结果，可不可以不选择LD修剪，直接用全部SNP进行GWAS关联性分析

如果使用连锁不平衡(LD)修剪后的SN进行GWAS关联性分析没有得到想要的结果，你可以考虑使用全部SNP进行分析。LD修剪是一种常用的策略，用于减少冗余信息和相关性，以便更好地理解基因组变异与复杂疾病之间的关系。

然而，每个研究都有其特定的情况和目标。如果LD修剪后的SNP分析结果不符合你的预期或需求，你可以尝试使用全部SNP进行GWAS关联性分析。全基因组分析可能会提供更全面的信息，但也需要考虑到分析的复杂性和计算资源的需求。

在决定使用全部SNP进行分析之前，建议评估你的研究目标、样本大小、计算资源以及其他可能影响分析结果的因素。此外，还可以尝试调整其他分析参数或采用其他策略来解释和处理结果，以获得更加准确和可靠的GWAS关联性分析结果。