drugbank 下载
时间: 2023-08-25 21:03:07 浏览: 382
DrugBank是一个广泛使用的药物数据库,提供了关于药物的详细信息和相应的科学数据。在使用DrugBank之前,我们需要下载它并安装在我们的计算机上。
首先,我们需要在DrugBank的官方网站上找到下载页面。通常,下载页面会提供不同的选项和链接,以适应不同的操作系统和需求。我们可以根据自己的操作系统(如Windows、Mac或Linux)选择适合我们的版本。
在选择了适合的版本后,我们可以点击下载链接,将DrugBank的安装文件保存到我们的计算机上。下载过程可能需要一些时间,具体取决于我们的网络连接速度和文件大小。
一旦下载完成,我们可以通过点击安装文件来开始安装过程。接下来,我们将按照安装程序的指示进行操作。这可能包括接受许可协议、选择安装位置和完成其他必要的设置。
在安装完成后,我们可以从我们的计算机上启动DrugBank。通常,DrugBank会提供一个用户界面,允许我们浏览和搜索药物信息。我们可以使用相应的功能和搜索栏来查找特定的药物,并获得有关药物的详细信息、化学结构、药理学特性等。
总的来说,DrugBank的下载过程相对简单。我们只需访问官方网站,选择适合我们操作系统的版本,下载安装文件并按照安装程序的指示进行操作。安装完成后,我们就可以开始使用DrugBank提供的丰富药物信息了。
相关问题
用 Python 语言, Pandas 和 Numpy 等数据处理模块提取 DrugBank 不同版本数据库中的小分子药物数据
这个问题已经在之前回答过,以下是示例代码:
```python
import xml.etree.ElementTree as ET
import pandas as pd
import numpy as np
# 解析 XML 文件
tree = ET.parse('drugbank.xml')
root = tree.getroot()
# 提取小分子药物数据
drug_list = []
for drug in root.findall('{http://www.drugbank.ca}drug'):
drug_id = drug.find('{http://www.drugbank.ca}drugbank-id').text
drug_name = drug.find('{http://www.drugbank.ca}name').text
drug_type = drug.find('{http://www.drugbank.ca}groups').find('{http://www.drugbank.ca}group').text
drug_smiles = drug.find('{http://www.drugbank.ca}calculated-properties').find('{http://www.drugbank.ca}property'[@kind="SMILES"]).text
# 将数据存储到列表中
drug_list.append([drug_id, drug_name, drug_type, drug_smiles])
# 将列表转换为 Pandas DataFrame
drug_df = pd.DataFrame(drug_list, columns=['DrugBank ID', 'Drug Name', 'Drug Type', 'SMILES'])
# 对数据进行清洗和分析
...
```
需要注意的是,提取 DrugBank 数据库中的数据需要先从其官网上下载 XML 文件,然后解析 XML 文件来提取数据。另外,在提取数据后,还需要根据具体需求对数据进行清洗和分析。
编写程序爬取阿司匹林的英文名称、分子量、SMILES、并下载分子结构图片
由于涉及到网页解析和图片下载,需要使用Python的requests、BeautifulSoup和pillow库。
代码如下:
```python
import requests
from bs4 import BeautifulSoup
from PIL import Image
# 请求页面并解析
url = 'https://www.drugbank.ca/drugs/DB00945'
response = requests.get(url)
soup = BeautifulSoup(response.text, 'html.parser')
# 获取英文名称、分子量和SMILES
name = soup.find('h1', class_='page__title').text.strip()
molecular_weight = soup.find('span', {'property': 'schema:molecularWeight'}).text.strip()
smiles = soup.find('span', {'property': 'schema:smiles'}).text.strip()
# 获取分子结构图片并保存
img_url = 'https://www.drugbank.ca' + soup.find('img', {'alt': '2D Structure'})['src']
img_response = requests.get(img_url, stream=True)
img = Image.open(img_response.raw)
img.save(name + '.png')
```
解析过程中使用了BeautifulSoup的find方法获取页面元素,通过指定属性和属性值来定位元素。其中,smiles标签的属性为`property="schema:smiles"`,需要使用字典形式指定属性和属性值。
图片下载需要使用requests库的stream参数,使得图片数据以流的形式返回,避免一次性读取整个图片数据造成内存占用过多。最后使用pillow库的Image类打开图片并保存即可。
运行以上代码后,程序会在当前目录下生成一个以阿司匹林英文名称命名的PNG图片,即为分子结构。
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