我需要通过代码，实现对同一物种的所有能找到的序列进行下载，并且在这之后能够对找到的序列进行分析，得到唯一的序列（拥有该物种的全部特征基因），这条唯一的序列作为该物种的参考序列

要实现这个功能，你需要编写一个程序，结合网络爬虫技术从公共数据库（如GenBank、ENA等）下载特定物种的DNA或蛋白质序列数据。以下是步骤概述：

1. **获取API访问**：
- 确认是否可以使用公开的数据接口，像Entrez API（NCBI提供的服务）或ENA的FTP服务器。如果是，了解其使用规则和限制。

2. **编写下载脚本**：
- 使用Python（例如使用requests库）或其他适合网络爬取的语言，编写一个函数，根据指定的物种名称查询数据库并下载所有相关的序列文件。

import requests
from Bio import SeqIO

def download_sequences(species_name):
    base_url = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi"
    params = {
        "db": "nuccore",  # 对于核酸序列
        "rettype": "fasta",
        "term": species_name,
        "tool": "your_program_name"  # 可选的，用于标识你的软件
    }
    response = requests.get(base_url, params=params)
    seqs = SeqIO.parse(response.text, "fasta")
    return seqs

3. **处理和合并序列**：
- 将下载到的单个序列存储起来，比如在一个列表中，然后检查是否有重复序列。你可以使用`Bio.SeqUtils`模块的`calc_md5()`函数计算每个序列的MD5值，以便快速判断是否已经存在。

4. **查找唯一序列**：
- 对序列集合进行去重，保留MD5值唯一的那个序列作为参考。

unique_seq = None
duplicates = set()
for seq in seqs:
    md5 = str(seq.seq).encode().hex()
    if md5 not in duplicates:
        unique_seq = seq
        duplicates.add(md5)

5. **分析和保存结果**：
- 对剩下的唯一序列进行分析（如检查是否存在特定的特征基因），然后将其保存成所需的格式，如FASTA或者GFF3。

6. **异常处理**：
- 编写错误处理机制，如网络连接问题、API请求失败等情况。