NetworkAnalyst：基因表达数据分析与网络可视化教程

"NetworkAnalyst是一个在线数据库，专注于基因表达谱数据的综合分析，提供差异分析、功能富集和网络可视化等功能。支持不超过50MB、2万个基因、300个样本（DESeq2方法时样本数不超过50）的芯片或测序数据。用户可以通过注册账户来保存10个项目的分析状态，每个项目有10个月的保存期限。网站包含导航栏，如主页、常见问题、使用教程等，以及不同的功能模块，如单个基因表达列表、多个基因表达数据和基因或蛋白列表输入。" NetworkAnalyst数据库是一个强大的在线工具，专为基因表达谱数据的深度分析而设计。它结合了最新的统计方法和创新的可视化技术，允许用户一站式完成多种分析任务，包括但不限于基因表达分析、荟萃分析、功能分析以及网络可视化。这个数据库支持的文件大小上限是50MB，基因数量上限为2万个，样本数上限为300个，但如果使用DESeq2方法进行差异分析，样本数限制在50个以内。对于超出这些限制的数据，用户可能需要先进行预处理，比如剔除低表达基因或减少样品数量。 NetworkAnalyst的官方网站为https://www.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst/home.xhtml，用户既可以匿名使用，也可以通过邮箱注册账户。未注册用户的数据将在72小时后自动删除，因此建议用户在分析完成后立即下载结果。注册账户后，用户能保存10个分析项目，这些项目在10个月内可以随时恢复，便于后续继续分析。 该平台的主要功能包括： 1. **差异基因分析**：基于用户上传的基因表达数据，NetworkAnalyst可以识别在不同条件下显著差异表达的基因。 2. **功能富集分析**：对差异基因进行生物过程、细胞组件和分子功能的富集分析，帮助理解基因功能和通路的参与情况。 3. **互作网络分析**：基于基因间相互作用的数据库，构建差异基因的交互网络，揭示基因间的复杂关系。 4. **多个数据集整合分析**：支持合并多个条件相似的研究数据，进行荟萃分析，以增强统计功效和发现潜在的共性模式。 此外，网站的界面布局清晰，用户友好。首页导航栏包含了各种资源和帮助，如主页、常见问题解答、使用教程、示例图片、更新记录、数据来源、联系方式以及账户管理。功能模块分为几个部分，方便用户根据需求上传不同的数据类型，例如单个基因的表达列表、多个研究的基因表达数据集，或者直接输入基因或蛋白ID列表进行分析。 在使用NetworkAnalyst时，用户需要注意正确引用相关的文献，包括NetworkAnalyst本身以及所用数据源对应的文献。这样不仅遵循了学术规范，也为后续的科研工作提供了参考依据。NetworkAnalyst是基因表达分析领域的一个强大工具，对于生物信息学研究者和生物医学领域的专业人士来说，是一个极其宝贵的资源。