生物信息学数据库与工具综述:常用资源与操作指南
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更新于2024-08-08
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本资源是一本实用的生物信息学技术指南,着重介绍在生物数据分析领域中常用的软件工具和技术。它覆盖了从Unix/Linux操作系统的基础操作,到高级生物数据处理、序列比对、基因注释以及进化分析等多个核心环节。
章节一至六分别探讨了:
1. Unix/Linux操作系统基础,包括远程登陆、文件管理、权限控制、备份与压缩,以及软件安装等内容,为后续的数据处理提供了坚实的操作平台。
2. 数据的基本处理,包括测序原理、数据转换如Phred转峰图、序列处理工具如Phrap和Cap3,以及基因组注释工具如Consed、 Primer3等,这些工具对于序列分析至关重要。
3. 序列比对,涉及全球比对方法,如ClustalW、MUSCLE、HMMER等,以及局部比对工具如BLAST、BLAT、BLASTZ、GeneWise、Exonerate等,帮助研究人员深入了解序列间的相似性和差异。
4. 基因组和基因的注释,通过RepeatMasker、Trf和LTR_STRUC等软件进行重复序列分析,针对RNA分析,提供了tRNA、microRNA、snoRNA和rRNA分析工具,同时讲解了Glimmer、GlimmerM、Genscan、TwinScan、BGF和Fgenesh等基因预测方法,以及InterproScan和WEGO等基因功能注释工具。
5. SNP分析部分,介绍了Polyphred、SNPdetector和cross_match等用于单核苷酸多态性检测的工具,这对于遗传学研究和个性化医疗具有重要意义。
6. 进化分析专题涵盖Phylip、PAML和KaK等工具,用于构建进化树、估计分子进化速率和进行选择压力分析,是理解物种间关系和分子钟的重要手段。
通过本书,读者可以全面掌握生物信息学中的关键技术,应用于基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域的研究和实践。
2019-07-31 上传
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臧竹振
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