SPM12预处理步骤详解:检查、校正、分割与调制
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更新于2024-08-05
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"spm12预处理教程"
spm12是Statistical Parametric Mapping软件的一个版本,用于神经影像学的数据处理,特别是在fMRI (功能性磁共振成像)和结构MRI (磁共振成像)的数据分析中。这个预处理教程主要涉及了几个关键步骤,包括数据类型转换、图像检查、AC校正、分割、调制以及输出文件格式。
1. 数据类型与转换:
spm12支持.nii格式的数据,这种格式是由FSL (FMRIB Software Library)广泛使用的。.nii文件通常由两部分组成,即.img(数据)和.hdr(头文件)。如果你的数据是.img+.hdr格式,你可以直接使用spm的内置函数将其转换为.nii格式,或者如果数据已经通过CAT12(Cerebral Atlas Template 12)分割,那么它可能已经被自动转换为.nii格式。
2. 图像检查与AC校正:
在预处理的初始阶段,需要检查图像的完整性和准确性。MRIcron是一款常用的工具,用于人工检查图像是否有任何明显的异常或缺失。AC校正(Reorient)是确保图像的标准方向,它基于AC-PC线,即从前联合(AC)到后联合(PC)的连线。在SPM中,可以使用Display功能进行AC校正,将图像的原点设置在AC位置,并保存矫正结果。
3. 分割(Segment):
CAT12是SPM的一个工具箱,用于进行高级的图像分割。在这个步骤中,你可以设置分割的参数,如选择要处理的被试数据,并可以选择默认的其他选项。Segment过程可能需要较长时间,特别是对于大样本。此外,CAT12允许根据硬件性能调整线程数以优化计算速度。
4. 调制(Modulation):
调制是补偿空间归一化导致的体积变化的关键步骤。归一化通常包含全局缩放和局部体积变化,可能导致灰质信号总量的损失。通过使用非线性配准生成的变形场(warp文件),调制可以恢复每个体素的原始信号量,使得比较不同个体的灰质分布成为可能。简而言之,调制是通过应用warp文件中的体积变化信息来保持灰质的总体积不变,同时保持空间一致性。
5. 输出文件格式:
预处理后的输出文件通常会遵循特定的命名前缀,这有助于跟踪和识别不同步骤的结果。例如,调制后的灰质图像会有特定的标识,便于后续的分析和处理。
在spm12预处理流程中,每个步骤都是为了提高数据质量和准确性,使得后续的统计分析更为可靠。理解这些基本步骤对于进行有效的神经影像学研究至关重要。
2022-09-24 上传
2023-03-04 上传
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2023-06-13 上传
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