Python使用Pydicom处理Dicom文件读写
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更新于2024-08-30
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本文主要介绍了如何使用Python的Pydicom库对Dicom文件进行读取和写入操作,包括处理一些特殊情况,如缺失文件元信息和处理DicomTags。
在医学成像领域,Dicom(Digital Imaging and Communications in Medicine)是一种广泛使用的标准格式,用于存储、打印和传输医学图像。Python的Pydicom库提供了方便的API来处理Dicom文件。首先,我们可以通过`pydicom.dcmread()`函数读取单个Dicom文件。例如:
```python
import os
import pydicom
folder_path = r"D:\Files\Data\Materials"
file_name = "PA1_0001.dcm"
file_path = os.path.join(folder_path, file_name)
ds = pydicom.dcmread(file_path)
```
这里,`ds`是一个`pydicom.dataset.FileDataset`对象,包含了Dicom文件的所有信息。
然而,在某些情况下,如直接处理医院原始数据时,可能会遇到错误,如`InvalidDicomError`,指出文件缺少DICOM File Meta Information头。为了解决这个问题,可以添加`force=True`参数强制读取:
```python
ds = pydicom.dcmread(file_path, force=True)
```
如果之后遇到`AttributeError`,找不到`TransferSyntaxUID`属性,我们需要手动设置这个属性,以确保数据正确解析。通常,可以使用`ImplicitVRLittleEndian`作为默认的传输语法:
```python
ds.file_meta.TransferSyntaxUID = pydicom.uid.ImplicitVRLittleEndian
```
完成这些步骤后,我们就可以读取和编辑Dicom文件中的数据了。对于Dicom Tags(即元数据),可以通过两种方式访问:
1. 使用Tag的描述:
```python
print(ds.PatientID, ds.StudyDate, ds.Modality)
```
2. 使用`ds.get()`函数,传入Tag的名称或Group和Element编号:
```python
print(ds.get('PatientID'), ds.get('StudyDate'), ds.get('Modality'))
```
此外,还可以对Dicom数据进行各种其他处理,例如修改Tag的值、写入新的数据到文件,或者创建新的Dicom文件等。Pydicom库提供了一整套功能,使得开发者能够方便地进行Dicom数据的分析和处理工作。通过深入学习Pydicom库的API,可以实现更复杂的功能,如图像的解码、重采样、转换等。
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