Cytoscape用户手册：生物信息学基因调控网络学习必备

"Cytoscape用户手册是针对生物信息学中学习基因调控网络的人们的一本好书，涵盖了从启动Cytoscape到创建网络、处理数据等多方面的内容。" Cytoscape是一款强大的生物信息学软件，主要用于分子交互网络的可视化和分析。这本书的目的是帮助用户熟悉和掌握Cytoscape的各项功能，特别是对于那些想要探索基因调控网络的研究人员。 1. **介绍** Cytoscape提供了直观的图形界面，让用户能够分析和理解复杂的生命科学数据，如蛋白质相互作用、基因调控和代谢通路。该软件支持多种数据格式，并且具有丰富的插件库，可扩展其功能。 2. **启动Cytoscape** - **系统要求**：Cytoscape可以在满足特定硬件和软件条件的计算机上运行，包括操作系统版本和内存要求。 - **开始使用**：手册指导用户如何下载和安装Cytoscape，以及首次启动时的基本设置。 3. **命令行参数** 对于高级用户，可以通过命令行参数自定义Cytoscape的启动行为，例如指定配置文件或加载网络。 4. **Cytoscape快速入门** - **启动面板**：用户界面的入口，可以用来打开已有的网络或者新建网络。 - **基本功能**：涵盖网络的浏览、选择、布局和编辑等基础操作。 - **菜单**：介绍了各个菜单项的功能，如文件、编辑、视图等，这些菜单帮助用户执行各种操作。 - **网络管理**：包括网络的导入、导出、保存和删除，以及对网络属性的设置。 - **视图导航器**：帮助用户控制网络的显示方式和视角。 5. **创建网络** - **导入固定格式的网络文件**：支持多种标准格式，如SIF、XGMML等。 - **导入无格式的表格文件**：从表格数据中构建网络。 - **从公共数据库导入**：直接连接到生物信息学数据库获取网络数据。 - **手动创建或编辑网络**：允许用户直接在软件中创建新的网络结构。 6. **嵌套网络** - **创建嵌套网络**：处理包含层次结构的复杂网络。 - **可视化嵌套网络**：提供有效的视觉表示方法来展示层次关系。 7. **支持的网络文件格式** Cytoscape支持广泛的数据格式，包括： - SIF、NNF、GML、XGMML、SBML、BioPAX、PSI-MI、GraphML、文本表和Excel工作簿，以及Cytoscape自身的JSON和CX格式。 8. **节点和边的列数据** - **导入数据表文件**：将表格数据与网络节点或边关联，用于添加属性信息。 手册还涉及了样式、网络分析、插件使用等多个主题，帮助用户深入挖掘和理解生物网络的复杂性。通过Cytoscape，生物信息学家能够以可视化的方式探索基因调控网络，从而更好地理解生物学过程和疾病机制。