Gaussian09用户指南：设置与运行计算

"gaussian09用户参考手册.pdf" Gaussian09是一款广泛使用的量子化学计算软件，它允许科学家进行分子结构优化、频率分析、反应路径探索、光谱模拟等多种化学计算。这份用户参考手册详细介绍了如何设置和运行Gaussian09进行各种计算任务。 手册首先强调了正确引用官方Gaussian09文献的重要性，同时推荐了其他附加的参考资料以供深入学习。接着，手册进入实际操作部分，详细讲解了Gaussian09的输入格式和语法，这对于编写计算脚本至关重要。用户需要了解输入部分的顺序，包括如何定义计算任务、选择模型化学、选取基组等。 模型化学的选择直接影响计算的精度和效率，手册提到了多种模型，如HF（Hartree-Fock）、DFT（密度泛函理论）等。基组是模型化学中的关键部分，手册涵盖了从简单的STO-3G到更复杂的6-31G*等不同级别的基组，并讨论了添加极化和弥散函数以提高描述电子相互作用的能力。此外，手册还提到了密度拟合基组，这是一种减少计算复杂度的技术。 在分子说明部分，用户可以指定分子的同位素、核参数，甚至通过分子片段来构建复杂分子。手册还介绍了如何处理分子力学原子类型，以及如何读取PDB文件参数。对于周期性体系的处理，手册提供了指导，这对于晶体结构的模拟特别有用。 多步任务的设定使得用户可以在一次计算中完成多个任务，例如结构优化后紧接着进行频率分析。运行Gaussian时，手册详细阐述了如何控制擦写文件的使用，包括其位置、保存和删除策略。初始化文件和内存管理对于优化计算性能至关重要，尤其是在大型计算中。 手册还涵盖了在各种操作系统环境下运行Gaussian09的方法，如UNIX系统，并介绍了如何使用NQS进行批处理。对并行计算的支持是Gaussian09的一大特色，包括在共享内存多处理器系统和网络/集群环境下的并行执行。Linda软件的安装和配置过程也在手册中得到了详细解释，帮助用户充分利用分布式计算资源。 监控计算进度是确保任务正常进行的关键，手册提供了相应的工具和方法。最后，手册提到了在特定硬件平台上，如基于PPC的Mac机，如何设置工作进程数量以高效运行Gaussian09。 这份Gaussian09用户参考手册是一份详尽的指南，涵盖了从基本概念到高级特性的方方面面，对于任何希望使用Gaussian09进行量子化学计算的科研人员来说都是不可或缺的资源。