Proteome Discoverer 2.2快速入门与参数设置指南

Proteome Discoverer QuickStart 2.2指南是Thermo Fisher Scientific在2017年发布的教程，针对这款强大的蛋白质组学数据分析软件提供了详细的入门教程。该指南主要介绍了如何创建研究、分析和工作流程，以及进行搜索的步骤。用户可以使用Sequest™HT和Mascot SM等搜索引擎，并对搜索参数进行配置以优化搜索结果。 首先，指南关注于设置搜索引擎参数。如果你选择Sequest HT作为搜索引擎，用户被引导通过Proteome Discoverer User Guide来了解如何配置这些参数，如酶切规则、数据库类型、质量容忍度等，以确保搜索过程的准确性和效率。 其次，临时文件参数的配置也是一项重要任务。这涉及设定存储和清理临时数据的策略，以管理系统的性能和空间使用。适当的临时文件管理有助于防止数据丢失和提高搜索的响应速度。 下载FASTA文件部分，指南强调了获取用于搜索的蛋白数据库的重要性。用户需要从可信来源下载正确的FASTA格式文件，包括参考物种的完整蛋白质序列，以便与实际样品数据进行比对。 创建研究和分析是整个工作流程的关键步骤。用户将学习如何新建项目，定义样本，设置实验设计，以及创建分析任务。这包括数据导入、预处理（如质谱数据的清洗和标准化），以及选择适当的定量和定性分析方法。 执行搜索阶段是整个过程的核心，指南会详细介绍如何运行搜索任务，如何解读搜索结果，以及如何根据搜索评分和其它统计指标来鉴定和验证蛋白质组中的肽和蛋白质。 最后，章节涵盖了商标信息和软件操作方式，即如何通过Windows的开始菜单或桌面图标打开Proteome Discoverer应用程序，以及启动后的界面和导航路径。 Proteome Discoverer QuickStart 2.2是一份全面的教程，旨在帮助新用户快速上手并充分利用这款工具进行高质量的蛋白质组学研究和数据分析。无论是对于科研人员还是实验室新手，它都是一个重要的学习资源。