LAMMPS用户手册：分子动力学模拟入门与命令指南

"LAMMPS英文用户手册，2014年2月版本，由Sandia National Laboratories发布，遵循GNU General Public License。手册涵盖了LAMMPS的基本介绍、功能特性、非特性、开源分布信息、启动与构建指南、命令及输入脚本规则等。" LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个分子动力学模拟软件，由美国桑迪亚国家实验室开发。此英文手册是针对LAMMPS用户的一份详尽指南，适用于科研和工程领域中的物理、化学、材料科学等多个学科。 1. **LAMMPS简介** - **什么是LAMMPS**：LAMMPS是一种专门用于模拟原子和分子系统行为的软件，支持大规模并行计算，可以处理数百万到数十亿个粒子的系统。 - **LAMMPS特性**：包括通用和专业特性。通用特性涉及粒子类型和模型、力场、原子生成、统计ensemble、约束和边界条件、时间积分器、诊断和输出；专业特性涵盖多副本模型、预处理和后处理等功能。 2. **LAMMPS非特性** - LAMMPS并不包含某些特定的功能，如量子力学计算或有限元素分析，它主要专注于经典分子动力学模拟。 3. **开源分布** - LAMMPS遵循GNU General Public License，这意味着代码是开源的，用户可以自由地使用、修改和分发。 4. **开始使用LAMMPS** - **LAMMPS分发内容**：包括主程序和其他可选包。 - **构建LAMMPS**：提供了多种方法来编译和构建LAMMPS，包括使用Makefile和Python脚本。 - **运行LAMMPS**：详细介绍了如何在命令行下启动LAMMPS，并给出了相关选项。 - **命令行选项**和**LAMMPS屏幕输出**：指导用户理解和解读程序的运行结果。 - **对旧版用户的提示**：帮助从早期版本过渡到新版本的用户适应变化。 5. **LAMMPS命令和输入脚本** - **输入脚本**：LAMMPS通过输入脚本来定义模拟设置，包括初始化、模拟过程和输出控制。 - **解析规则**：说明了脚本中命令的语法和解析逻辑，包括变量、函数和条件语句等。 手册还详细解释了各个命令的用法，包括计算力场、粒子操作、时间积分、约束、边界条件、输出控制、分析工具等。此外，还有关于如何使用特定功能，如分子力学参数化、热力学集成算法、表面模拟和相变模拟的章节。 对于想要使用LAMMPS进行科学研究或教学的用户来说，这份手册是一份宝贵的资源，它提供了全面的操作指南和深入的技术细节，有助于用户充分利用LAMMPS的强大功能。