R与BUGS教程:贝叶斯数据分析入门指南

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《Doing Bayesian Data Analysis:A Tutorial with R and BUGS》是一本由John K. Kruschke撰写的深入介绍贝叶斯数据分析的教程,它在众多同类书籍中脱颖而出。作者以其亲身实践为基础,旨在帮助读者理解和应用贝叶斯方法进行数据处理和统计推断。该书特别适合具备一定统计背景但希望学习贝叶斯分析的实操者,因为书中强调了理论与R语言(一种广泛使用的统计软件)以及BUGS(Bayesian inference Using Gibbs Sampling)的结合。 本书的核心内容包括: 1. **组织结构**: - 面向所有层次读者:书中以简洁易懂的方式阐述复杂概念,确保即使是初学者也能跟随。 - **先决条件**:读者需要具备基础的统计知识,特别是概率论和统计推断的基本原理。 - **章节安排**:书中按照逻辑顺序展开,分为核心章节和传统方法的对应部分,如“传统的假设检验”在书中并非独立存在,而是融入到贝叶斯分析的讨论中。 - **反馈机制**:作者鼓励读者提供反馈,以持续改进和优化教材内容。 2. **基本概念**: - **参数与概率**:介绍模型中的参数如何表示不确定性,并通过概率来描述我们对这些参数的信念。 - **贝叶斯法则**:这是本书的灵魂,通过它,我们可以更新我们的信念(或称后验分布),基于新数据和先验知识。 - **R与BUGS**:教授如何使用R编程语言作为实施贝叶斯分析的工具,并利用BUGS进行MCMC(Markov Chain Monte Carlo)抽样,这对于实际问题的解决至关重要。 2.1 **模型构建与信念**: - **观察模型与信念模型**:区分描述数据生成过程的观察模型和反映我们对未知参数信念的主观模型。 - **参数的意义**:强调模型参数不仅仅是数值,它们代表了对现实世界的某种假设,且在分析过程中会发生改变。 2.2 **分析目标**: - **推断的目标**:在贝叶斯框架下,分析目标不只是检验假设,而是估计参数、检查模型的合理性以及预测未知数据。 《Doing Bayesian Data Analysis》是一本实用且全面的教程,适合那些希望深入理解并掌握贝叶斯分析方法的读者。它不仅讲解理论,还提供了丰富的R语言实例,使得学习者能够在实践中应用所学知识。通过阅读这本书,读者将能够构建和分析复杂的模型,同时培养批判性思维和合理的推断能力。
2017-10-11 上传
There is an explosion of interest in Bayesian statistics, primarily because recently created computational methods have finally made Bayesian analysis tractable and accessible to a wide audience. Doing Bayesian Data Analysis, A Tutorial Introduction with R and BUGS, is for first year graduate students or advanced undergraduates and provides an accessible approach, as all mathematics is explained intuitively and with concrete examples. It assumes only algebra and ‘rusty’ calculus. Unlike other textbooks, this book begins with the basics, including essential concepts of probability and random sampling. The book gradually climbs all the way to advanced hierarchical modeling methods for realistic data. The text provides complete examples with the R programming language and BUGS software (both freeware), and begins with basic programming examples, working up gradually to complete programs for complex analyses and presentation graphics. These templates can be easily adapted for a large variety of students and their own research needs.The textbook bridges the students from their undergraduate training into modern Bayesian methods. Accessible, including the basics of essential concepts of probability and random sampling Examples with R programming language and BUGS software Comprehensive coverage of all scenarios addressed by non-bayesian textbooks- t-tests, analysis of variance (ANOVA) and comparisons in ANOVA, multiple regression, and chi-square (contingency table analysis). Coverage of experiment planning R and BUGS computer programming code on website Exercises have explicit purposes and guidelines for accomplishment 作者从概率统计和编程两方面入手,由浅入深地指导读者如何对实际数据进行贝叶斯分析。全书分成三部分,第一部分为基础篇:关于参数、概率、贝叶斯法则及R软件,第二部分为二元比例推断的基本理论,第三部分为广义线性模型。内容包括贝叶斯统计的基本理论、实验设计的有关知识、以层次模型和MCMC为代表的复杂方法等。同时覆盖所有需要用到非贝叶斯方法的情况,其中包括:t检验,方差分析(ANOVA)和ANOVA中的多重比较法,多元线性回归,Logistic回归,序列回归和卡方(列联表)分析。针对不同的学习目标(如R、BUGS等)列出了相应的重点章节;整理出贝叶斯统计中某些与传统统计学可作类比的内容,方便读者快速学习。本中提出的方法都是可操作的,并且所有涉及数学理论的地方都已经用实际例子非常直观地进行了解释。由于并不对读者的统计或编程基础有较高的要求,因此本书非常适合社会学或生物学研究者入门参考,同时也可作为相关科研人员的参考书。