使用Chimera和AutoDock进行分子对接评估

"该资源是一份使用sangfor_ac_v13.0.7_上网行为管理系统进行配体构象对接评价的用户手册，主要涉及使用Chimera、AutoDockTools 1.4.4 (ADT)和AutoDock进行分子对接实验的详细步骤。" 在分子对接领域，AutoDock是一款广泛应用的免费软件，用于预测小分子（如药物候选物）如何与大分子（如蛋白质）结合。本手册旨在指导用户如何通过AMBER优化复合物来执行对接实验，以验证配体构象是否能够重现实验复合物的结合模式。 首先，用户需要利用Chimera打开并准备复合物的pdb文件。Chimera是一款强大的分子可视化工具，用于打开、预览和处理分子结构。用户需在Unix环境下启动Chimera，导入复合物文件，如1T64-A_Min.pdb，并保持结构不被旋转，以便后续处理。 接下来，使用AutoDockTools (ADT)进行进一步的文件和参数准备。ADT是AutoDock的图形用户界面，提供了一套工具来准备对接实验，包括删除水分子、添加氢原子、生成pdbqt文件等。这些步骤对于确保对接过程的准确性和可靠性至关重要。 对接流程通常包括以下步骤： 1. 获取复合物结构，通常从PDB数据库中获取。 2. 清理复合物，移除不必要的水分子、溶剂和离子。 3. 添加缺失的氢原子和AMBER9相关的链末端原子。 4. 进一步清理，去除无相互作用的金属离子。 5. 分离大分子和配体，分别作为"lock"（大分子）和"key"（配体）。 6. 使用ADT准备pdbqt文件，这是AutoDock所需的特定格式。 7. 设置对接参数，生成网格参数文件、绘图文件和对接参数文件。 8. 启动对接计算。 9. 分析和解读对接结果。 在这个示例中，实验选择了HDAC8/TSA复合物（PDB代码1t64）进行对接评价。虽然HDAC4模型缺乏明确的抑制剂数据，但一旦验证了AutoDock能够重现实验复合物的结合模式，该程序即可应用于HDAC1和HDAC4模型，先对接TSA，然后对接自定义的配体。 需要注意的是，本手册并不旨在详细介绍AutoDock的使用，而是展示其作为对接工具的可能性。用户若想深入了解Chimera、ADT和AutoDock，应参考各自提供的官方文档。 通过这个指南，用户将能够了解并实践一个完整的分子对接流程，从而评估特定配体的结合模型，为药物设计和蛋白质功能研究提供有价值的预测。