PCA技术在乳腺癌肿瘤特征分析中的应用

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0 下载量 57 浏览量 更新于2024-10-02 收藏 5KB ZIP 举报
资源摘要信息:"PCA.zip_pca_乳腺_乳腺癌_肿瘤_PCA" ### PCA技术概述 PCA(主成分分析)是一种常用的数据降维技术,它通过正交变换将一组可能相关的变量转换成一组线性不相关的变量,这些新变量称为主成分。在乳腺癌肿瘤数据分析中,PCA可以帮助研究者识别出哪些特征对乳腺癌的影响最大,从而进行有效的特征选择和数据降维。 ### 乳腺癌数据特征提取的重要性 乳腺癌是一种常见的恶性肿瘤,其早期诊断和治疗对于提高患者的生存率具有重要意义。通过对乳腺癌相关数据的分析,可以提取出影响乳腺癌发生和发展的关键特征。这些特征的识别对于疾病的预防、诊断和治疗策略的制定至关重要。 ### PCA在乳腺癌数据分析中的应用 在处理乳腺癌数据时,研究者往往需要面对高维数据集,例如基因表达数据、临床检测数据等。这些数据集中的特征维数可能非常高,存在多重共线性等问题,直接分析会非常复杂且难以得到有意义的结果。利用PCA技术可以有效解决这些问题: 1. **降维**:PCA能够将原始数据集中的多个特征降维到较少的主成分上,从而简化数据结构,便于分析。 2. **去噪**:高维数据中往往存在噪声,PCA通过选择最重要的主成分能够滤去噪声的影响。 3. **可视化**:通过提取两到三个主成分,可以在二维或三维空间中可视化高维数据,这有助于直观地发现数据中的模式和趋势。 4. **特征选择**:PCA的主成分按方差贡献排序,方差贡献大的主成分往往包含了数据最重要的信息,研究者可以基于此进行特征选择,专注于对诊断和预后最有贡献的特征。 ### 文件内容说明 在提供的文件压缩包中,包含以下文件: - ***.csv**:一个CSV格式的文件,可能包含乳腺癌相关的临床或基因数据。CSV文件是逗号分隔值文件,是一种常用的存储表格数据的格式,可以通过电子表格软件或编程语言轻松读取。 - **PCA.m**:一个Matlab脚本文件,文件名中的“m”表示这是一个Matlab程序文件。该脚本很可能是用来执行PCA分析的,Matlab是一种广泛应用于工程计算、数据分析和图像处理的编程语言和环境。 ### PCA操作流程 进行PCA分析一般需要以下步骤: 1. 数据准备:收集并整理乳腺癌相关数据,形成适合进行PCA分析的数据表。 2. 数据预处理:包括数据清洗(去除缺失值、异常值等)、标准化或归一化处理(使数据具有相同的量级)。 3. 计算协方差矩阵:PCA分析的第一步是计算数据特征之间的协方差矩阵。 4. 求解特征值和特征向量:通过求解协方差矩阵的特征值和特征向量,找到主成分。 5. 选择主成分:根据特征值的大小,选择累计贡献率达到一定阈值(如85%、90%等)的主成分。 6. 数据转换:将原始数据投影到选定的主成分上,完成数据降维。 ### 结论 PCA作为一种强大的数据分析工具,在乳腺癌肿瘤特征提取中发挥着重要作用。通过PCA分析,可以帮助医学研究人员和临床医生更好地理解乳腺癌的致病机制,提高诊断的准确性和治疗的有效性。同时,PCA在其他医学领域和生物信息学研究中也有广泛的应用前景。

import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D from sklearn.decomposition import PCA from sklearn.preprocessing import StandardScaler data=pd.read_csv('H:/analysis_results/mean_HN.csv') data.head() x=data.iloc[:,1:7] y=data.iloc[:,6] scaler=StandardScaler() scaler.fit(x) x_scaler=scaler.transform(x) print(x_scaler.shape) pca=PCA(n_components=3) x_pca=pca.fit_transform(x_scaler) print(x_pca.shape) #查看各个主成分对应的方差大小和占全部方差的比例 #可以看到前2个主成分已经解释了样本分布的90%的差异了 print('explained_variance_:',pca.explained_variance_) print('explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_) print('total explained variance ratio of first 6 principal components:',sum(pca.explained_variance_ratio_)) #将分析的结果保存成字典 result={ 'explained_variance_:',pca.explained_variance_, 'explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_, 'total explained variance ratio:',np.sum(pca.explained_variance_ratio_)} df=pd.DataFrame.from_dict(result,orient='index',columns=['value']) df.to_csv('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.csv') #可视化各个主成分贡献的方差 #fig1=plt.figure(figsize=(10,10)) #plt.rcParams['figure.dpi'] = 300#设置像素参数值 plt.rcParams['path.simplify'] = False#禁用抗锯齿效果 plt.figure() plt.plot(np.arange(1,4),pca.explained_variance_,color='blue', linestyle='-',linewidth=2) plt.xticks(np.arange(1, 4, 1))#修改X轴间隔为1 plt.title('PCA_plot_HN') plt.xlabel('components_n',fontsize=16) plt.ylabel('explained_variance_',fontsize=16) #plt.savefig('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.png') plt.show()报错'numpy.float64' object is not iterable,如何修改

2023-06-10 上传