Sybyl_X 1.2分子对接与3DQSAR结构优化实战教程
Sybyl_X 1.2教程是一份针对分子对接和3DQSAR结构优化设计的实用指南,特别关注于Surflex-Dock功能的讲解。该教程是作者个人根据英文版进行的翻译和整理,旨在帮助初学者更快速地理解和掌握Sybyl_X 1.2的使用,提高工作效率。教程的核心内容围绕胸苷激酶与10个活性配体的对接实践,通过一步步的步骤,学习者可以学会如何使用Surflex-Dock来定位并优化配体与蛋白质受体之间的相互作用。 教程首先强调了时间管理和资源需求,预计整个流程需要约30分钟的个人时间以及5分钟的CPU时间(在2CPU Intel Xeon 3.2GHz机器上)。此外,由于不同平台可能会导致结果差异,本教程中的示例是在Linux环境下运行的。 教程分为几个关键部分: 1. 引言: - 开始时,学习者需清理屏幕和重置显示,以便清晰地进行后续操作。 - 需要从RCSB获取蛋白质结构和包含10个活性配体的文件,作为实验的基础数据。 2. 开始: - 进入Surflex-Dock的Docking对话框,通过Surflex-Dock-DefineSFXCFile对话框进行设置,这是对接过程的核心准备阶段。 3. 准备蛋白质: - 学习者将读取名为1KIM的蛋白质文件,该文件为二聚体结构,包含两个对称单元,每个单元都有蛋白质、配体等元素。在处理多单位蛋白质时,需要注意SYBYL的原子分配策略,只应选择定义或包含活性位点的单体单元进行操作。 4. 使用Surflex-Dock: - 在对话框中,用户将定义活性位点并创建Surflex protomol,这是对接的关键步骤,它代表了蛋白质的结合区域。 5. 接触面分析与确认: - 完成对接后,教程提供确认试验,验证Surflex-Dock是否能使非活跃配体变得活跃。 Sybyl_X 1.2教程为用户提供了一个实际操作的框架,涵盖了从准备到分析的完整过程,适合希望深入了解分子对接技术的人员使用。通过跟随教程,用户不仅能掌握软件的基本操作,还能提升对分子间相互作用的理解。
![](https://csdnimg.cn/release/download_crawler_static/9671233/bg5.jpg)
剩余20页未读,继续阅读
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![rar](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083606.png)
![pdf](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083512.png)
![](https://profile-avatar.csdnimg.cn/4a03ab914b9e46e3a9c081a64bb16d38_baidu_36591932.jpg!1)
- 粉丝: 0
- 资源: 1
我的内容管理 展开
我的资源 快来上传第一个资源
我的收益
登录查看自己的收益我的积分 登录查看自己的积分
我的C币 登录后查看C币余额
我的收藏
我的下载
下载帮助
![](https://csdnimg.cn/release/wenkucmsfe/public/img/voice.245cc511.png)
最新资源
- 多模态联合稀疏表示在视频目标跟踪中的应用
- Kubernetes资源管控与Gardener开源软件实践解析
- MPI集群监控与负载平衡策略
- 自动化PHP安全漏洞检测:静态代码分析与数据流方法
- 青苔数据CEO程永:技术生态与阿里云开放创新
- 制造业转型: HyperX引领企业上云策略
- 赵维五分享:航空工业电子采购上云实战与运维策略
- 单片机控制的LED点阵显示屏设计及其实现
- 驻云科技李俊涛:AI驱动的云上服务新趋势与挑战
- 6LoWPAN物联网边界路由器:设计与实现
- 猩便利工程师仲小玉:Terraform云资源管理最佳实践与团队协作
- 类差分度改进的互信息特征选择提升文本分类性能
- VERITAS与阿里云合作的混合云转型与数据保护方案
- 云制造中的生产线仿真模型设计与虚拟化研究
- 汪洋在PostgresChina2018分享:高可用 PostgreSQL 工具与架构设计
- 2018 PostgresChina大会:阿里云时空引擎Ganos在PostgreSQL中的创新应用与多模型存储
![](https://img-home.csdnimg.cn/images/20220527035711.png)
![](https://img-home.csdnimg.cn/images/20220527035111.png)
![](https://csdnimg.cn/release/wenkucmsfe/public/img/green-success.6a4acb44.png)