Platform LSF作业提交指南：Dock与Gauss作业示例

本资料主要介绍了使用Platform LSF（Load Sharing Facility）进行作业提交和管理的相关知识，特别是针对Dock作业和Gauss作业的提交示例。LSF是一个集群作业调度系统，它允许用户有效地管理和执行大量计算任务。 在LSF使用综述中，设置了LSF环境变量，例如`LSF_SERVERDIR`, `LSF_LIBDIR`, `LSF_VERSION`, `LSF_BINDIR`, 和 `LSF_ENVDIR`，这些变量对于正确配置和运行LSF系统至关重要。它们指示了LSF配置文件、库、版本信息以及可执行文件的路径。 作业提交是通过`bsub`命令完成的，该命令用于将作业提交到LSF系统。例如，提交Dock作业的命令如下： ```bash bsub -W 12:00 -a openmpi -n 4 mpirun.lsf /public/software/dock6-openmpi/bin/dock6.mpi -i test.in -o test.out ``` 这里，`-W 12:00`指定了作业的最大运行时间为12小时，`-a openmpi`选择了OpenMPI作为并行环境，`-n 4`表示需要4个CPU核心，`mpirun.lsf`是OpenMPI运行时的关键字，`/public/software/dock6-openmpi/bin/dock6.mpi`是Dock程序的路径，`-i test.in`指定输入文件，`-o test.out`指定输出文件。作业的标准输出会被重定向到以作业ID为后缀的`output.%J`文件中。 同样，Gauss作业的提交命令如下： ```bash bsub -W 60 -n 16 -q QN_Norm g03.lsftest397.com ``` 这里的`-W 60`表示作业最长运行60分钟，`-n 16`需要16个CPU核心，`-q QN_Norm`指定了队列QN_Norm，而`g03.lsf`是Gauss运行的关键字。 在资源管理方面，LSF提供了一套工具来监控和控制作业。例如，`bhist`用于查看作业历史，但应避免在LSF主节点上对大量作业运行此命令，因为它可能占用大量内存和CPU资源。`btop`和`bbot`通常仅限于LSF管理员使用，用于监控系统资源的顶级视图。`bswitch`命令则用于在不同队列之间重定向大量作业。 故障分析是LSF使用中的重要环节，通过查看作业日志和输出文件，用户可以诊断作业失败的原因。同时，了解如何正确使用LSF的命令行选项，如`-h`显示帮助信息和`-V`打印版本号，也是提高效率的关键。 系统监视包括跟踪CPU、内存、磁盘I/O等资源的使用情况，这有助于优化作业调度和资源分配。讨论环节可能涉及用户之间的经验分享、问题解决策略以及对LSF系统的改进建议。 Platform LSF提供了一个强大的工具集，用于高效地管理和调度大规模计算任务，确保在分布式计算环境中实现最佳性能和资源利用率。理解和掌握LSF的使用方法，对于在超算环境中进行科研和工程计算至关重要。