sm-engine：基于Apache Spark的空间代谢组学引擎

资源摘要信息:"sm-engine: 代谢物注释引擎，用于成像质谱" sm-engine是一个用于处理成像质谱数据的代谢物注释工具。它提供了一种高效的方式来注释成像质谱数据集中的高通量分子，是一种空间代谢组学引擎。sm-engine的主要特点包括： 1. 输入数据格式：它能够处理质心的imzML文件作为输入数据集文件。imzML是一种开放的文件格式，用于存储成像质谱数据。 2. 大数据处理能力：sm-engine基于Apache Spark的实现，这种大数据处理框架能够轻松地从一台机器扩展到集群。 3. 运行模式：它既可以在本地模式下运行，也可以在分布式模式下运行。这种灵活性确保了用户可以根据自己的硬件资源和数据规模选择最适合的运行模式。 4. 测试：sm-engine包含单元测试、回归测试和科学测试，这有助于确保软件的稳定性和可靠性。 5. 结果展示：它提供了用于上载和浏览搜索结果的Web应用程序，这些功能使得数据展示和交互变得简单方便。 6. 部署：该引擎可以轻松部署到AWS（亚马逊网络服务），这是目前云服务市场上的领导者之一。 sm-engine项目的安装和运行指南如下： - 首先，用户需要检查项目源代码。 - 接下来，用户需要上传数据集，并可以根据需要浏览结果。 - 对于希望在AWS上运行Web应用程序的用户，可以访问帮助页面获取更多信息。 - 项目还提供了如何运行sm引擎测试的说明。 sm-engine项目获得了多个资金支持，包括欧洲Horizo​​n2020项目METASPACE（编号634402），美国国立卫生研究院（NIH）的NIDDK项目KPMP以及欧洲分子生物学实验室的内部资金。 最后，sm-engine是根据Apache 2.0许可证开源的。Apache许可证是一种广泛使用的开源许可协议，它允许用户自由地使用、修改和分发软件，并要求修改后的代码仍然在相同的许可证下开放。这确保了软件社区能够自由地共享、使用和改进软件，同时也保护了原始作者的权益。 针对标签信息，sm-engine与以下领域相关： - 生物信息学（bioinformatics）：这是一个跨学科领域，涉及生物学、计算机科学和信息科学。sm-engine通过处理成像质谱数据，为生物信息学提供支持。 - 代谢组学（metabolomics）：这是研究生物体内代谢物的组成、浓度以及代谢途径的科学。sm-engine作为一个代谢物注释工具，直接与代谢组学研究相关。 - 质谱学（mass-spectrometry）：这是一种分析技术，通过测量物质分子的质量对荷比来鉴定物质的组成。sm-engine专门用于处理成像质谱数据。 - 成像质谱学（imaging mass-spectrometry）：这是一种质谱学应用，它能够生成组织样本中分子的空间分布图像。sm-engine就是针对这种应用设计的。 - Python：Python是一种广泛使用的高级编程语言，非常适合数据科学和生物学信息学领域。虽然文档没有明确说明，但基于sm-engine提供的功能和应用场景，很可能它使用了Python来实现其功能。 根据压缩包子文件的文件名称列表（sm-engine-master），该项目的代码库或软件包的名称是“sm-engine”，并且它是以开源的形式提供的。用户可以通过访问“sm-engine-master”目录来获取完整的源代码和相关文档。