Materials Studio入门:分子建模与量子计算详解

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"Materials Studio初级入门教程深入探讨了材料分子建模计算的重要性和应用。这是一份针对初学者的指南,旨在引导读者掌握这款强大的软件,包括Visualizer工具在聚合物、有机分子以及表面和晶体模拟中的运用。它特别提到了VAMP(Virtual Atomic Manipulation Platform),这是一个在个人电脑上进行半经验模拟的技术,提供了快速的结构优化和性质预测功能。 在课程中,重点讲解了Premier Density Functional Theory (DFT)程序,如CASTEP,它是用于模拟固体、界面、表面特性的主要工具。例如,通过例子介绍了chemisorption(如CO在Pd表面的吸附)和气体(如CH4在Ni(111)表面的解离)过程,这些是理解材料表面化学反应的关键步骤。 DFT与量子力学(QM)相结合,比如HΨ=EΨ这一基本原理,表明通过哈密顿算符作用于波函数,可以得到系统的性质。虽然力场方法能够提供合理的结构和构象分析,但在精确研究过渡态时,更复杂的量化方法如Hartree、Fock、CI(Configuration Interaction)、TB( Tight Binding)等理论和方法显得尤为重要,因为它们无需实验参数,适用于所有元素,并且能够处理键的断裂等问题。 此外,材料科学家们经常使用的DMol3是一种量子力学方法,它通过解决薛定谔方程来处理原子间相互作用,这是计算化学的基础。Hartree-Fock和密度泛函理论(DFT)作为两种常见的近似方法,分别基于独立电子和平均场的概念,而CI则提供了更准确但计算成本更高的多电子相互作用处理。 本教程涵盖了从基础概念到高级应用的全面内容,帮助用户理解为何需要量化手段,以及如何在Materials Studio这个平台上高效地进行结构模拟和性质预测,无论是处理简单的聚合物还是复杂的化学反应,都是宝贵的资源。"
2020-04-13 上传
2020-04-13 上传
1.1量子力学方法 1.1.1 CASTEP CASTEP由Cambridge大学Mike Payne教授发布,采用密度泛函理论、平面波赝势法(用平面波描述外层价电子,内层电子用赝势代替),进行第一性原理量子力学计算的程序。其中总能量包含动能、静电能和交换关联能三部分,各部分能量都可以表示成密度的函数。电子与电子相互作用的交换和相关效应采用局域密度近似(LDA)或广义密度近似(GGA),静电势只考虑作用在系统价电子的有效势(即赝势:Ultrasoft 或norm-conserving),电子波函数用平面波基组扩展(基组数由Ecut-off确定),电子状态方程采用数值求解(积分点数由FFT mesh确定),电子气的密度由分子轨道波函数构造,分子轨道波函数采用原子轨道的线性组合(LCAO)构成。计算总能量采用SCF迭代。CASTEP在计算分子、固体、表面、界面、掺杂、错位等方面非常有优势。 主要功能及特性:  支持 PBE、PBE0、HSE03、HSE06以及SCAN meta-GGA 等交换关联泛函;  能量计算:形成能、吸附能、缺陷形成能、内聚能、表面能等;  结构优化:力与应力的计算、几何驰豫(原子坐标、晶胞参数、键长、键角、)等;  过渡态:过渡态搜索等;  电子结构:能带、态密度(局域、分波)、声子谱、电荷密度、差分电荷密度、电子局域函数、电子轨道、扫描隧道显微镜STM模拟、共价键级、静电势(支持可视化)、静电荷(Mulliken、Hirshfeld)、功函数、自旋极化(共线、非共线)、支持旋轨耦合、费米面、支持利用On-the-fly 生成模守恒(normconserving)赝势,特别适用于计算磁性材料和包含f电子的元素;  介电性质:波恩有效电荷、静态介电常数张量、极化率张量;  力学性质:弹性力常数张量,体模量,剪切模量,杨氏模量,泊松比;热力学性质:声子态密度、色散谱、熵、焓、自由能、零点能、德拜温度、等容热容随温度的变化曲线;  光学性质:红外光谱、拉曼光谱5.0、核磁共振谱(NMR CASTEP,可用DFT+U)、电子能量损失谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、X射线吸收谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、光频介电常数虚(实)部、吸收系数、折射率、能量损失函数、光导率虚(实)部;  动力学计算:支持NVE、NVT、NPT以及NPH等系综,以及多种控温控压函数;