KEGG数据库：生物信息学的图形化系统功能知识库

"KEGG数据库是一个由日本京都大学生物信息学中心Kanehisa实验室创建的生物信息学数据库，旨在将基因组、化学和系统功能信息整合在一起，以帮助科学家理解细胞、物种乃至生态系统的生物学过程。该数据库于1995年建立，主要应对后基因组时代对生物信息全面展示的需求。KEGG的特点在于其强大的图形表示功能，能够清晰地描绘代谢途径和相互关系，便于研究人员理解。此外，KEGG还包含了多个子数据库，如GENES、PATHWAY和LIGAND，分别存储基因组序列、细胞生化过程和化学物质信息。KEGG提供了多种工具，如Java图形工具，支持基因图谱访问、比较和表达图谱分析。KEGG直系同源系统(KO系统)促进了跨物种注释，并广泛应用于基因组学和其他高通量实验数据的解析。随着发展，KEGG正逐渐侧重于实际应用，尤其是在人类健康和疾病研究中的应用。" KEGG数据库的创建源于对后基因组时代生物学信息展示的需求。在基因组数据大量涌现的时代，科学家希望通过计算机分析预测复杂的生物通路和行为。为此，KEGG数据库应运而生，它不仅存储基因组信息，还涵盖了细胞功能和化学信息的多层次关联。 KEGG的主要特征包括其系统功能知识库，这是一个基于计算形式构建的实验知识集合，用于模拟生物系统。其独特的图形界面让研究者能直观地理解和探索代谢途径间的相互作用。此外，KEGG的GENES数据库存储基因组序列，PATHWAY数据库包含了细胞生化过程的图解，LIGAND数据库则涉及化学物质、酶和反应的信息。这些数据库通过LinkDB与其他大型生物信息学数据库相连，提供了丰富的生物学信息资源。 KEGG的工具集包括图形工具，允许用户进行基因图谱比较、操作表达图谱等。KEGG直系同源系统(KO系统)是其重要的组成部分，它连接分子网络与基因组，推动了跨物种的注释工作。这使得KEGG成为大规模基因组数据和高通量实验结果整合和解释的重要工具。 随着KEGG的发展，其应用领域逐渐扩展到临床和实际问题中，特别是在人类疾病的研究上。这意味着KEGG不仅服务于基础研究，也在转化医学和生物医学应用中发挥着关键作用。