构建Pathway Commons的igraph沙箱环境

本资源摘要将围绕标题和描述中提及的内容展开，详细解读其中涉及的知识点和技术细节。 标题:"igraphNetworkExpansion:用于Pathway Commons的沙箱存储库" 知识点: 1. igraphNetworkExpansion: 这个短语指的可能是一个项目、工具或库，用于网络扩展或网络图分析。由于描述中提到了R语言，这表明可能是R包或相关的扩展，用于增强或特定于Pathway Commons的网络分析功能。 2. Pathway Commons: 是一个生物信息学数据和工具的共享平台，它整合了多个生物网络，包括相互作用、信号通路、代谢通路等。该平台用于研究生物网络的复杂性和功能，用户可以通过它访问、分享和分析生物网络数据。 描述:"Igraph沙盒 如果需要，安装Git，Docker和Docker-Compose 这是为AWS EC-2实例配置的 sudo yum install -y git git version sudo amazon-linux-extras install docker docker version sudo curl -L https://github.com/docker/compose/releases/download/1.22.0/docker-compose-$(uname -s)-$(uname -m) -o /usr/local/bin/docker-compose sudo chmod +x /usr/local/bin/docker-compose docker-compose version 设置Git回购 git clone https://github.com/j" 知识点: 1. Igraph沙盒: 在这里，“沙盒”可能指的是一个安全的、隔离的环境，用于在不干扰主系统的情况下测试和运行软件。在本描述中，它可能是指一个用于igrapNetworkExpansion项目的开发环境。 2. 安装Git，Docker和Docker-Compose: 这些工具是现代软件开发和部署的基础组件。 - Git是一个版本控制系统，用于源代码管理。 - Docker是一个容器化平台，用于开发、交付和运行应用程序。 - Docker-Compose是一个工具，用于定义和运行多容器Docker应用程序。 3. AWS EC-2实例配置: 亚马逊弹性计算云（Amazon EC2）是AWS提供的一个虚拟服务器服务。配置EC2实例意味着在云端准备一个运行环境，用于部署和运行应用程序。 4. 使用yum安装Git和通过amazon-linux-extras安装Docker: 这些命令展示了在Amazon Linux环境下安装和配置Git与Docker的步骤。 5. 使用curl下载并安装Docker-Compose: 这部分描述了如何获取Docker-Compose的二进制文件，并设置其在系统中的执行权限。 6. Git回购设置: 通过git clone命令，可以从远程仓库中克隆代码，这通常是与项目开始合作的第一步。 【标签】:"R" 知识点: 1. R: 是一种用于统计分析和图形表示的编程语言和软件环境。在生物信息学领域中，R非常流行，因为它拥有丰富的用于数据分析的包和扩展。描述中提到的“R”表明，该存储库可能包含用于R语言的特定工具或数据集。 【压缩包子文件的文件名称列表】: igraphNetworkExpansion-master 知识点: 1. 压缩包子文件（zip archive file）: 这是一个常见的文件格式，用于将多个文件和文件夹压缩成单个文件，以便于存储和传输。 2. 文件名称列表: 表明压缩包内可能包含多个文件，文件名的“master”后缀通常表示这是一个主版本或主分支的代码库。 综上所述，这个存储库涉及到使用R语言进行网络分析，特别是在生物信息学中处理Pathway Commons数据的场景。配置和使用该存储库需要具备一定的计算机操作知识，包括命令行操作、软件安装和版本控制系统的使用。此外，对于AWS EC2实例的配置能力也是必要的，因为它提供了在云环境中运行igrapNetworkExpansion项目的环境。